Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005839`

染色体: Chr01 坐标: 74392759-74394115 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005839`
名称	SmilChr01G005839
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-4
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	74392759 - 74394115 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013136`
GeneID	`131013136`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013136`
原始查询	`SmilChr01G005839`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-4
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-4
Arabidopsis	`AT3G46530` (RPP13) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=25.3; qcov=0.583; evalue=3.03e-12; confidence=low
Rice	`Os12g0500500` - identity=26.6; qcov=0.776; evalue=4.15e-15; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013136

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057797153.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057797153.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057797153.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797153.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797153.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:74392909`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B139,C4,C7,C86
`Chr1:74392909`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B139,C4,C7,C86
`Chr1:74392922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr1:74392952`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A19,B125,B90,B92,C13,C49,D2
`Chr1:74392986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B139,C4,C7,C86
`Chr1:74393005`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B139,C4,C7,C86
`Chr1:74393027`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,C79
`Chr1:74393028`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C37,C64,C66
`Chr1:74393071`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D11
`Chr1:74393071`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D11
`Chr1:74393114`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr1:74393248`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797153.1

393 aa

196

393

NB-ARC

PF00931 NB-ARC 201-292 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797153.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	201	292	5.8e-13	49.5	NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941170.1
ATGACGGCTTACGGTGCAGTGAATTCGCTGAGGAATACAATTGATTATATTCTCTATTCTTCTCATTATAGCCTCGTTGATCCCTCTCCACATATCAGACTAGACGCCTACAAGGAGTTGCGGCCCTTGCAAAATATTCTTGAAAAATTGGACAGAACAAGAACAAGCAAGAGCAGGAAGAAGGTGAATGCTTTGGATAGAAGAATCAAAGACTTGATTTGGGAATTCCAACACCTATTGGAAACCATTCTCCACCAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013136
ATGACGGCTTACGGTGCAGTGAATTCGCTGAGGAATACAATTGATTATATTCTCTATTCTTCTCATTATAGCCTCGTTGATCCCTCTCCACATATCAGACTAGACGCCTACAAGGAGTTGCGGCCCTTGCAAAATATTCTTGAAAAATTGGACAGAACAAGAACAAGCAAGAGCAGGAAGAAGGTGAATGCTTTGGATAGAAGAATCAAAGACTTGATTTGGGAATTCCAACACCTATTGGAAACCATTCTCCACCAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797153.1
MTAYGAVNSLRNTIDYILYSSHYSLVDPSPHIRLDAYKELRPLQNILEKLDRTRTSKSRKKVNALDRRIKDLIWEFQHLLETILHQQILGIPSQPQILSQSPNQVEDERMKERGFLESLPSQPRRKFNTPRIANDVEGCRFSIDLQFLQHHVPSFIQRLKNMKEEYINEVANMPEDDDDDDQSISSRTGTKSKMIGLSDQFKKLKMTIKHCEGRRFIALVGTAGIGKTALAEAVFEDPEIISLLKHRVWVTVGRRSQFAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器