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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005850

染色体: Chr01 坐标: 74438105-74440087 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005850
名称SmilChr01G005850
描述UDP-glycosyltransferase 91C1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74438105 - 74440087 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006149
GeneID131006149
locus_tag-
NCBI NameLOC131006149
原始查询SmilChr01G005850

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 91C1
产物UDP-glycosyltransferase 91C1
ArabidopsisAT5G49690 (AT5G49690)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835032]
identity=53.8; qcov=0.989; evalue=1.73e-178; confidence=high
RiceOs03g0804900
-
identity=40.4; qcov=1.04; evalue=1.18e-111; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006149

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789303.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057789303.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789303.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789303.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789303.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74438199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C71
Chr1:74438230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr1:74438237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,C1
Chr1:74438261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B93,C17,C48
Chr1:74438314 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B59
Chr1:74438378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:74438408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B101,C67
Chr1:74438425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,D4
Chr1:74438453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B93,C17,C48
Chr1:74438458 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B93,C17,C48
Chr1:74438463 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C57
Chr1:74438463 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789303.1
464 aa
N
1
232
464
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 268-423 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789303.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 268 423 2e-20 73.8 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933320.1
AAAAAACACATTCACATCATTATCAAGATGATAACATATTCCACTACAAACCATTACTATTATTTATTTATTTTAAAAAAAGTTGAATAAGATTGAAAAAACCTAACCCATTCCAAACTCTCCCATTCCTCAATTATCCACCTATGGAAGAAGAACAAGGCAAGAAACTCCACGTAGTGATGTTTCCATGGATGGCCATAGGCCATCTCAGGCCCTTCTTCGAGCTATCGAAATACGTAGCTCGAAGAGGCCACAAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006149
ATGGAAGAAGAACAAGGCAAGAAACTCCACGTAGTGATGTTTCCATGGATGGCCATAGGCCATCTCAGGCCCTTCTTCGAGCTATCGAAATACGTAGCTCGAAGAGGCCACAAAATCTCATTCATTTCAAGCCCAAGAAACCTTAAAAAAACAGTCAAAGTGCCTCCACACCTCTCCCGCCTCATCGACCTCGTCGCCATCCCTCTGCCCCCGGTCGAGCACCTGCCCCCCGACGCGGAGTCCTCGATGGACGTGCCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789303.1
MEEEQGKKLHVVMFPWMAIGHLRPFFELSKYVARRGHKISFISSPRNLKKTVKVPPHLSRLIDLVAIPLPPVEHLPPDAESSMDVPHVKQQLLKVALDLLEPELRSFLENASPKPDWIVYDYASHWLPRLAGELGIKRAYFSLFTAAFMAFLGPPSVLLNGAFSRSAAEDYTVVPEWLPASSNMAFRLHEMTKNKEKDADGNDYDSGTNDSIRFALSVDGSDIVIFRSCVEFEPEWFELVRSLYRKPVFPVGALPSGDER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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