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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005851

染色体: Chr01 坐标: 74442519-74445390 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005851
名称SmilChr01G005851
描述transcription factor SRM1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74442519 - 74445390 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006151
GeneID131006151
locus_tag-
NCBI NameLOC131006151
原始查询SmilChr01G005851

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor SRM1-like
产物transcription factor SRM1-like
ArabidopsisAT5G04760 (AT5G04760)
Duplicated homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830354]
identity=63.2; qcov=0.812; evalue=3.73e-69; confidence=high
RiceOs05g0449900
-
identity=47.3; qcov=0.83; evalue=3.64e-52; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF23082 (Myb_DNA-binding_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789306.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789306.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789306.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789306.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057789306.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74442915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789306.1
224 aa
N
1
112
224
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-binding_2
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 23-67 aa PF23082 Myb_DNA-binding_2 23-67 aa PF00249 Myb_DNA-binding 129-174 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789306.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 23 67 2e-23 82.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057789306.1 Pfam PF23082 Myb_DNA-binding_2 Domain 23 67 3.5e-09 37.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057789306.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 129 174 2e-23 82.9 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933323.1
GTACAGTGAATGACGCTCCGGTTCCAGAAAGTTGCAACTAAAAACGTGGTCATTTCCTTTCTAAATTTAACAATTTTCGCTACCTCCCAAAATCCTCTCCGGTATATAATCCCTACAATACCTCACCTAAAATTCCCACAAAAACACTCTCCCCCAAAAACAAACCCCACCGCAAGCAACAGTTTTCTGCTAAAACCCATCCAAATTGATCAAAAATTTGCATGAATTTCCACCGAAACATGTACAGCATCGATGCCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006151
ATGAATTTCCACCGAAACATGTACAGCATCGATGCCAACAGCAAGCTAGTGAGCTGCGACGCGGCCTCGTGGAGCCGGCAGGAGGATAAGATCTTCGAGAAGGCGCTGGTGGAGTTCCCGGAGGGCTTCGGCGATCGGTGGCGCATGATAGCGGAGTATCTGCCGGGGAAGTCGCCGGAGGAGGTGAAGTCGCATTACGAGGCGCTGCTGTACGATATCGCGGAGATTGACTCGGGGCGGGTCGAGCTGCCGAGCTACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789306.1
MNFHRNMYSIDANSKLVSCDAASWSRQEDKIFEKALVEFPEGFGDRWRMIAEYLPGKSPEEVKSHYEALLYDIAEIDSGRVELPSYSDESGSIGWEGEPARSRTPGQISFGSPGNRSRHLDVERKKGTPWTEDEHRLFLIGLDRYGKGDWRSISRNVVVTRTPTQVASHAQKYFLRHTSGKKERKRSSIHDITTAMDSLTVPPPAPTSLPSQGGYQAFNFSMPR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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