当前解析结果
SmilChr01G005851| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005851 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005851 |
| 描述 | transcription factor SRM1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 74442519 - 74445390 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006151 |
|---|---|
| GeneID | 131006151 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006151 |
| 原始查询 | SmilChr01G005851 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor SRM1-like |
| 产物 | transcription factor SRM1-like |
| Arabidopsis | AT5G04760 (AT5G04760)Duplicated homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830354] identity=63.2; qcov=0.812; evalue=3.73e-69; confidence=high |
| Rice | Os05g0449900- identity=47.3; qcov=0.83; evalue=3.64e-52; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding); PF23082 (Myb_DNA-binding_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006151 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057789306.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789306.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789306.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789306.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057789306.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:74442915 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789306.1PF00249
Myb_DNA-binding 23-67 aa
PF23082
Myb_DNA-binding_2 23-67 aa
PF00249
Myb_DNA-binding 129-174 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789306.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 23 | 67 | 2e-23 | 82.9 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057789306.1 |
Pfam | PF23082 |
Myb_DNA-binding_2 | Domain | 23 | 67 | 3.5e-09 | 37.3 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057789306.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 129 | 174 | 2e-23 | 82.9 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。