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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005855

染色体: Chr01 坐标: 74491655-74493744 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005855
名称SmilChr01G005855
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g04780, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74491655 - 74493744 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006157
GeneID131006157
locus_tag-
NCBI NameLOC131006157
原始查询SmilChr01G005855

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g04780, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g04780%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G04780 (AT5G04780)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830356]
identity=57.4; qcov=0.901; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0156900
-
identity=55.9; qcov=0.901; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006157

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057789313.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789313.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789313.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789313.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789313.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74491933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr1:74491945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B41,B48,B90,C15
Chr1:74491948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B48,B90,C15
Chr1:74491964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B48,B90,C15
Chr1:74491969 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B48,B90,C15
Chr1:74491989 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 5 B105,B48,B90,C15,C85
Chr1:74491989 TTA T 2bp_deletion CDS_variant 5 B105,B48,B90,C15,C85
Chr1:74492014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B90,C85
Chr1:74492029 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,A3,C25
Chr1:74492045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B90,C85
Chr1:74492058 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B90,C85
Chr1:74492061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B90,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789313.1
634 aa
N
1
317
634
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 95-122 aa PF01535 PPR 125-153 aa PF01535 PPR 198-223 aa PF01535 PPR 226-248 aa PF01535 PPR 299-322 aa PF13812 PPR_3 325-374 aa PF13041 PPR_2 327-375 aa PF01535 PPR 330-356 aa PF13812 PPR_3 350-410 aa PF01535 PPR 365-391 aa PF12854 PPR_1 394-425 aa PF01535 PPR 400-425 aa PF20431 E_motif 444-506 aa PF14432 DYW_deaminase 542-634 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789313.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 95 122 1.7e-45 150.9 PPR repeat
XP_057789313.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 125 153 1.7e-45 150.9 PPR repeat
XP_057789313.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 198 223 1.7e-45 150.9 PPR repeat
XP_057789313.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 226 248 1.7e-45 150.9 PPR repeat
XP_057789313.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 299 322 1.7e-45 150.9 PPR repeat
XP_057789313.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 325 374 6.7e-13 49.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789313.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 327 375 2e-43 147.0 PPR repeat family
XP_057789313.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 330 356 1.7e-45 150.9 PPR repeat
XP_057789313.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 350 410 6.7e-13 49.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789313.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 365 391 1.7e-45 150.9 PPR repeat
XP_057789313.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 394 425 3e-29 101.2 PPR repeat
XP_057789313.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 400 425 1.7e-45 150.9 PPR repeat
XP_057789313.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 444 506 4.7e-20 72.3 E motif
XP_057789313.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 542 634 2.1e-35 121.1 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933330.1
ATGAAATTCTTGTACAGAAAAAGTAAATCTCGTTTAACATTTACCTTTCATCACAAAAGCTTTTCAACAATCTCCACTGCCAAAGCTGAGCTACCATTCCAACAACACCAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGACCATGTTTGGATATGCACCAGAAAAACCTTTCTGCAAATGCAGCAAACCATCGTCCAAAAATGCGCCAAACATCGATCAATCCTGCCGGGAAAATCCTCCCACGCACAGATCATTCAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006157
ATGAAATTCTTGTACAGAAAAAGTAAATCTCGTTTAACATTTACCTTTCATCACAAAAGCTTTTCAACAATCTCCACTGCCAAAGCTGAGCTACCATTCCAACAACACCAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGACCATGTTTGGATATGCACCAGAAAAACCTTTCTGCAAATGCAGCAAACCATCGTCCAAAAATGCGCCAAACATCGATCAATCCTGCCGGGAAAATCCTCCCACGCACAGATCATTCAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789313.1
MKFLYRKSKSRLTFTFHHKSFSTISTAKAELPFQQHQEEEKEEEEEDHVWICTRKTFLQMQQTIVQKCAKHRSILPGKSSHAQIIQFGLQSDISTSNMLINMYSKCGAADHARKVFDEMRLRSVVSWNTMIGAYTQNGNASAALNLFVAMLRDSSEFSEFALSSVLCACASNALAFESKQLHAVVIKSAMESNAFVGTALLDVYAKCRSIADASRLFDTMPERSDVTWSSMMAGLVQNDLHEEALRLLLAAQRNAVETNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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