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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005861

染色体: Chr01 坐标: 74534652-74546302 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005861
名称SmilChr01G005861
描述receptor-like protein 34
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74534652 - 74546302 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006161
GeneID131006161
locus_tag-
NCBI NameLOC131006161
原始查询SmilChr01G005861

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 34
产物receptor-like protein 34
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=38; qcov=0.67; evalue=5.56e-147; confidence=medium
RiceOs10g0469000
-
identity=33.3; qcov=0.941; evalue=1.55e-148; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF24141 (LRR_ComC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006161

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789319.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789319.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789319.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789319.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789319.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74534730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B96
Chr1:74534733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C1,C9
Chr1:74534746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B96
Chr1:74534758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B131,B135
Chr1:74534760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C54,C87
Chr1:74534762 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B94
Chr1:74534787 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 8 B110,B43,B57,B67,B71,C19,C34,D4
Chr1:74534790 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 8 B110,B43,B57,B67,B71,C19,C34,D4
Chr1:74534844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C24,C49,C54,C64
Chr1:74534898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B17,B78,B85,C40,C7
Chr1:74534936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C57,C71
Chr1:74534964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789319.1
1262 aa
N
1
631
1262
LRRNT_2
LRR_1
LRR_ComC
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_ComC
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 51-91 aa PF00560 LRR_1 120-142 aa PF24141 LRR_ComC 174-308 aa PF00560 LRR_1 194-216 aa PF13855 LRR_8 194-253 aa PF00560 LRR_1 218-240 aa PF00560 LRR_1 242-264 aa PF00560 LRR_1 293-313 aa PF00560 LRR_1 315-337 aa PF13855 LRR_8 362-422 aa PF00560 LRR_1 363-385 aa PF00560 LRR_1 411-433 aa PF00560 LRR_1 461-482 aa PF00560 LRR_1 484-506 aa PF13855 LRR_8 557-615 aa PF00560 LRR_1 581-602 aa PF00560 LRR_1 604-626 aa PF00560 LRR_1 654-675 aa PF00560 LRR_1 677-699 aa PF00560 LRR_1 725-747 aa PF24141 LRR_ComC 770-880 aa PF00560 LRR_1 774-795 aa PF00560 LRR_1 846-867 aa PF00560 LRR_1 869-891 aa PF00560 LRR_1 993-1010 aa PF00560 LRR_1 1059-1079 aa PF13855 LRR_8 1059-1116 aa PF00560 LRR_1 1082-1103 aa PF00560 LRR_1 1106-1127 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789319.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 51 91 8.6e-09 36.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 120 142 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF24141 LRR_ComC Repeat 174 308 3.6e-31 109.6 EGF-like domain-containing protein ComC LRR domain
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 194 216 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 194 253 3.1e-83 274.2 Leucine rich repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 218 240 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 242 264 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 293 313 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 315 337 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 362 422 3.1e-83 274.2 Leucine rich repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 363 385 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 411 433 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 461 482 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 484 506 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 557 615 3.1e-83 274.2 Leucine rich repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 581 602 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 604 626 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 654 675 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 677 699 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 725 747 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF24141 LRR_ComC Repeat 770 880 3.6e-31 109.6 EGF-like domain-containing protein ComC LRR domain
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 774 795 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 846 867 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 869 891 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 993 1010 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 1059 1079 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 1059 1116 3.1e-83 274.2 Leucine rich repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 1082 1103 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat
XP_057789319.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 1106 1127 7.2e-107 326.6 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933336.1
TCTCTACTTAGGTCCAATATTTGTTTCCCTCATCTAATCTAATTATAATTTCTAAATAAATCCCTAATATAATTGGTAATTATACATCACAATTCGTTTTTCCCTAAAAGAAGTTCATCAATTAGAGCACTCCCAGCAGATCACCTAAATGCATCACAAACTCTAAATTTAGGCTAAAACAATTGAAAATGAGATAAAAAATGCATCCAGCAGATCTCCTAAATTGGATGGGGCCCACAAAAAAAATTTACACCTACCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006161
ATGTATATGGATTTCATAGTTCAATATTCTAAAAAATTACTACTGTCAAAATCAAGCCAAAAAATGCAAAAATCTCCCCATTTTCTCATCCTTGCACTACTCTTACCAATCCATTATTTGATGGATTATAGCTCAGCCAAAACCGATATCAACACCGATTGTTCTTCCCTTCTCGCCTTAAAATCCCAAATCACATTAGATCCTCAAAATATATTGACCCAAAATTGGAGCACCGAAGCCAGTGTTTGCAGTTGGATCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789319.1
MYMDFIVQYSKKLLLSKSSQKMQKSPHFLILALLLPIHYLMDYSSAKTDINTDCSSLLALKSQITLDPQNILTQNWSTEASVCSWIGVTCDSRYNRVTQLNISSMGLVGTLPPEIGNLSSLVSLDVNENSFHGPIPPSIFNMSFLEVLELRNNNLSTSLPLDMCKRNLHSLKRLHISYNEMYGEIPSSLGQCSQLEFLSLYNNNFTGFVPTEIGNLTKLQTLDLGENKLTGVIPQEIHHLHNLRVLDLSLNKLSDTLPPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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