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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005862

染色体: Chr01 坐标: 74552627-74558643 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005862
名称SmilChr01G005862
描述receptor-like protein 52
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74552627 - 74558643 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006163
GeneID131006163
locus_tag-
NCBI NameLOC131006163
原始查询SmilChr01G005862

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 52
产物receptor-like protein 52
ArabidopsisAT3G11010 (RLP34)
receptor like protein 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820272]
identity=34.6; qcov=1.02; evalue=1.56e-136; confidence=low
RiceOs04g0618700 (Os-FLS2)
-
identity=32.6; qcov=0.886; evalue=5.29e-116; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006163

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789321.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789321.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789321.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789321.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789321.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74552854 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 52 A14,A19,A22,A23,B105,B106,B108,B123,B129,B13,B138,B15,B18,B28,B35,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B51,B53,B64,B66,B7,B80,B90,B92,B95,B96,C11,C16,C18,C2,C22,C40,C42,C43,C47,C48,C57,C59,C60,C61,C73,C77,C80,C87,D4,D7,D8
Chr1:74552891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B87,C20
Chr1:74552894 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 7 A14,B101,B4,B45,B5,B93,C66
Chr1:74552897 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 5 B101,B132,B4,B5,C66
Chr1:74552897 CCA C 2bp_deletion CDS_variant 5 B101,B132,B4,B5,C66
Chr1:74552898 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 11 A2,B112,B114,B129,B19,B29,B60,B87,C39,C82,D3
Chr1:74552904 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 16 A14,B10,B3,B31,B44,B45,B51,B53,B69,B9,B93,C18,C50,C58,C85,C87
Chr1:74552925 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 9 B125,B38,B97,C22,C26,C27,C40,C69,C72
Chr1:74552930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B15,C50,C71
Chr1:74552994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C10
Chr1:74552997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr1:74553017 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 2 B53,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789321.1
889 aa
N
1
444
889
LRRNT_2
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 31-71 aa PF13855 LRR_8 150-209 aa PF23598 LRR_14 168-253 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF13855 LRR_8 174-233 aa PF00560 LRR_1 198-220 aa PF00560 LRR_1 222-244 aa PF00560 LRR_1 270-290 aa PF00560 LRR_1 343-364 aa PF00560 LRR_1 438-460 aa PF00560 LRR_1 486-508 aa PF00560 LRR_1 510-532 aa PF13855 LRR_8 551-610 aa PF13516 LRR_6 572-589 aa PF00560 LRR_1 575-594 aa PF00560 LRR_1 626-643 aa PF00560 LRR_1 690-708 aa PF00560 LRR_1 711-732 aa PF00560 LRR_1 735-756 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789321.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 31 71 3.7e-10 40.6 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789321.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 150 209 3.1e-42 142.9 Leucine rich repeat
XP_057789321.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 168 253 1.1e-55 189.6 Leucine-rich repeat region
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 174 233 3.1e-42 142.9 Leucine rich repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 198 220 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 222 244 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 270 290 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 343 364 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 438 460 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 486 508 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 510 532 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 551 610 3.1e-42 142.9 Leucine rich repeat
XP_057789321.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 572 589 2.7e-07 30.8 Leucine Rich repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 575 594 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 626 643 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 690 708 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 711 732 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789321.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 735 756 1e-63 198.1 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933338.1
TTTGAGTTTCATTAATTAATTCTGCAAATGGCTTCACAATTATTAGACAAATAGTTTTTGTCGCTTTTGCCTCCAAAAATCACTCTTTATAGTTCACAATTATTGACTTCGTCTTTGCCCCAATCACACTCCAATTATTTATTTTCTTCGCCTTCGTCTTCCAGTGGCAAAAGATTATTTTAGCTTTGAATAAAAGGACATCTGCTTAGGCTTCTTGTTTGCGCACACTAGCACTCTGCATTAGCATTATGGAGAGAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006163
ATGGAGAGAGTTTCTTCCCATTTTCTCATCCTTGCACTACTCTTACCAATCCATTATTTGATGGATTATAGCTCGGCCAAAAACGATATCAACACCGATCGTTCTTCACTTCTCGCCTTAAAATCCCAAATCACTTTAGATCCTCAAAATGTATTGACCCAAAATTGGAGCACTGAAGCCAGTGTTTGTAGTTGGATCGGAGTTATTTGTGATTCACGTTACAATAGGGTTACGCAGTTGAACATATCGTACATGGGTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789321.1
MERVSSHFLILALLLPIHYLMDYSSAKNDINTDRSSLLALKSQITLDPQNVLTQNWSTEASVCSWIGVICDSRYNRVTQLNISYMGLVGTLPPEIGKLSSLVSLVANENSFHGPIPPSIFNLSFLEVLEVRNNSLSSSLPLDMCKRNLHRLKRLRLSFNEMYGEISSSLEKCSQLEYLSLYNNNFTGLVPTEIGNLTKLQELHLGENKLTGNIPKEIGGLTNLQALDMSSNNFSGHVPREIGNLTMLQLLHLGTNNLSGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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