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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005872

染色体: Chr01 坐标: 74661592-74677821 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005872
名称SmilChr01G005872
描述receptor-like protein 52
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74661592 - 74677821 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006162
GeneID131006162
locus_tag-
NCBI NameLOC131006162
原始查询SmilChr01G005872

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 52
产物receptor-like protein 52
ArabidopsisAT5G25910 (RLP52)
receptor like protein 52 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832660]
identity=38.5; qcov=0.714; evalue=3.95e-146; confidence=medium
RiceOs10g0469300
-
identity=33.1; qcov=1; evalue=5e-151; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006162

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789320.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789320.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789320.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789320.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789320.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74661763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C40
Chr1:74661802 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 3 B53,B89,C55
Chr1:74661802 ATT A 2bp_deletion CDS_variant 3 B53,B89,C55
Chr1:74661805 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B53,B89,C55
Chr1:74661805 AT A 1bp_deletion CDS_variant 3 B53,B89,C55
Chr1:74661831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:74661844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B94,C45,C50,C64,C66
Chr1:74661865 GTA G 2bp_deletion frameshift_variant 28 A13,A20,A6,B115,B118,B121,B131,B20,B33,B35,B57,B62,B71,B84,B94,C1,C19,C3,C34,C56,C6,C65,C75,C76,C81,C83,D1,D9
Chr1:74661910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C3,C46,C74
Chr1:74661985 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 6 A14,B102,B17,C26,C73,D10
Chr1:74661986 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 6 A14,B102,B17,C26,C73,D10
Chr1:74662021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,B83,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789320.1
1051 aa
N
1
526
1051
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 31-71 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF13855 LRR_8 174-233 aa PF00560 LRR_1 222-244 aa PF00560 LRR_1 272-293 aa PF23598 LRR_14 313-419 aa PF13855 LRR_8 320-376 aa PF00560 LRR_1 322-341 aa PF00560 LRR_1 343-365 aa PF13855 LRR_8 343-402 aa PF00560 LRR_1 367-389 aa PF00560 LRR_1 392-413 aa PF23598 LRR_14 431-542 aa PF00560 LRR_1 442-461 aa PF23598 LRR_14 480-613 aa PF00560 LRR_1 490-509 aa PF00560 LRR_1 511-533 aa PF23598 LRR_14 548-667 aa PF00560 LRR_1 584-605 aa PF00560 LRR_1 634-653 aa PF00560 LRR_1 655-677 aa PF00560 LRR_1 779-796 aa PF13855 LRR_8 846-902 aa PF00560 LRR_1 847-865 aa PF00560 LRR_1 868-889 aa PF00560 LRR_1 892-913 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789320.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 31 71 1e-09 39.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 174 233 6.6e-62 205.9 Leucine rich repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 222 244 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 272 293 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 313 419 8.3e-81 272.2 Leucine-rich repeat region
XP_057789320.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 320 376 6.6e-62 205.9 Leucine rich repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 322 341 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 343 365 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 343 402 6.6e-62 205.9 Leucine rich repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 367 389 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 392 413 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 431 542 8.3e-81 272.2 Leucine-rich repeat region
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 442 461 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 480 613 8.3e-81 272.2 Leucine-rich repeat region
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 490 509 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 511 533 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 548 667 8.3e-81 272.2 Leucine-rich repeat region
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 584 605 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 634 653 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 655 677 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 779 796 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 846 902 6.6e-62 205.9 Leucine rich repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 847 865 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 868 889 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789320.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 892 913 4.3e-83 255.8 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933337.1
GCCCACAATCAAATACATTAAATCTAATCTTATCTTGCGTGACGCATGCAGAAGCGTCATTAATGATCTTGACTAAGTCTTGGAGTGTATTCAATGATATAATGACTCAAAAGCGTCATTAATGTGTTAGGTACAACATTAAATCATGGCATTAACTTTTCCCATTTGCCACAACTACCTTATAGTGACTTAATTCATTTCCCTAATTTCGAATATCATTTGAAACTTTCAGACAAAATAATGAGTTGCACTGTTCATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006162
ATGGAGAGAGTTTCTTCCCATTTTCTCATCCTTGCACTACTCTTACCAATCCATTATTTGATGGATTATAGCTCAGCCAAAAACGATATCAACACCGATCGTTCTTCACTTCTTGCCTTGAAATCTCAAATCACTTTAGATCCTCAAAATATATTGACCCAAAATTGGAGCACTGAAGCCAGTGTTTGTAGTTGGATCGGAGTTATTTGTGATTCACGTTACAATAGGGTTACGCAGTTGAACATATCGTACATGGGTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789320.1
MERVSSHFLILALLLPIHYLMDYSSAKNDINTDRSSLLALKSQITLDPQNILTQNWSTEASVCSWIGVICDSRYNRVTQLNISYMGLVGTLPPEIGNLSSLVSLEANENSFHGPIPPSIFNMSFLEVLELRNNSLSSSLPLDMCKRNLHRLKRLRISYNKMYGEIPSSLGQCSQLEYLSLVNNTFTGFVPTEIGNLTKLQVLLLGVNKLTGVIPQEIHHVHNLRELNLSSNKLSGTLPPTIFNMSSLAWIDLSSNTLSGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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