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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005878

染色体: Chr01 坐标: 74721717-74724248 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005878
名称SmilChr01G005878
描述wall-associated receptor kinase-like 22
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74721717 - 74724248 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006174
GeneID131006174
locus_tag-
NCBI NameLOC131006174
原始查询SmilChr01G005878

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述wall-associated receptor kinase-like 22
产物wall-associated receptor kinase-like 22
ArabidopsisAT1G16130 (WAKL2)
wall associated kinase-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838182]
identity=36.4; qcov=0.473; evalue=1.01e-17; confidence=low
RiceOs04g0598900 (OsWAK50)
-
identity=32.8; qcov=0.613; evalue=2.29e-20; confidence=low
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006174

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057789333.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057789333.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057789333.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789333.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789333.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74721722 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 8 A16,B114,B34,B63,B64,C39,C7,C86
Chr1:74721803 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B82
Chr1:74721812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:74721825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C34
Chr1:74721892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:74721897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,D10
Chr1:74721955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:74721967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr1:74721981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:74722028 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A19,C59
Chr1:74722028 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 A19,C59
Chr1:74722113 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 180 A1,A10,A13,A14,A16,A18,A19,A2,A21,A23,A24,A25,A6,A7,B100,B102,B103,B106,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B128,B13,B131,B132,B133,B135,B136,B137,B138,B14,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B31,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B5,B52,B53,B54,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B79,B8,B80,B82,B84,B85,B86,B87,B89,B91,B93,B95,B96,B97,B98,C15,C16,C17,C2,C20,C21,C26,C27,C29,C3,C30,C35,C36,C39,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C56,C57,C58,C59,C6,C61,C64,C65,C66,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933350.1
TTTTACTCATCCCCTTCAACATTAATGATGTGTTTCTTCTATTATTTATGAAAAAAAAAGGTTTTCTTCATATAGGAGAAAAATTAAAAATGACACTTTAGAAATAAAAAAAAATCATAACTCAACTATGTTATATGCCATTATGAAAATCTTTACAATACATATTTTTCATAAAAACTAAGTGATTTGAAGTCACGTAAATATTGAACATATAAATATAACACCTAAGTATTATATCTGGTTAACATTTAAATATAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006174
ATGGAGTACTATATTACTTCCCCCAATGCTCATAATCTTAGTTACTTAGTTTCACCATTTTCACCACCTTCCACGATGTCTCTCAAAATCTCTCTCCACAATTCGAAGCTTCTCAAGTTGCTGATTTTCTTTCTCACCCTCTCTTCCTCCCTCACCGAAACTACCTCCGACGCCTTGCGGAGCGGCCATGGAATCTACATCGACTCTAAAATTCCCTACTTATTGGGGGCATTGGTTCTCCCGCCCCTCTTCGCGAGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789333.1
MEYYITSPNAHNLSYLVSPFSPPSTMSLKISLHNSKLLKLLIFFLTLSSSLTETTSDALRSGHGIYIDSKIPYLLGALVLPPLFASTWIVWSHQRRKLERHRMSLFDRNGGNILKEKLSKREGSAHLKIYTAQEMENATNNYSERGEFYRGTFENNREAAVMKIPSLVPESKIEQFIDEVIRRSLRGGNVIRISGFCLETSFPLLVYEHHVDGNRALSGFMRGGAGVLPRAKAVLLQLLRWRRAPENGGDSVSGAVDDEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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