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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005881

染色体: Chr01 坐标: 74743185-74744273 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005881
名称SmilChr01G005881
描述wall-associated receptor kinase 17-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74743185 - 74744273 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013196
GeneID131013196
locus_tag-
NCBI NameLOC131013196
原始查询SmilChr01G005881

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述wall-associated receptor kinase 17-like
产物wall-associated receptor kinase 17-like
ArabidopsisAT1G17910 (AT1G17910)
Wall-associated kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838370]
identity=29.2; qcov=1.05; evalue=2.6e-25; confidence=low
RiceOs12g0614851 (OsRLCK374)
-
identity=31.3; qcov=0.892; evalue=7.15e-30; confidence=low
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013196

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797248.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797248.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797248.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797248.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797248.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74743193 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A22,B101,B60,B68,B74,B97,C18,C74,D5
Chr1:74743271 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 13 B112,B136,B140,B31,B44,B45,B61,B67,B78,C46,C52,C7,C72
Chr1:74743459 CT * 1bp_deletion CDS_variant 4 B60,C30,C56,C83
Chr1:74743460 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 16 A16,A25,B117,B120,B15,B25,B26,B36,B52,B6,B76,C20,C38,C43,C57,C87
Chr1:74743533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B84,C3,C60
Chr1:74743551 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 12 A14,B136,B19,B31,B44,B45,B61,B73,C46,C52,C7,C72
Chr1:74743599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,D3
Chr1:74743632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr1:74743712 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B43,B93
Chr1:74743712 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 B43,B93
Chr1:74743757 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B124
Chr1:74743757 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941265.1
ATGCCTTCTCCTTCTTCCATTATGTTTCTGCACATCTCTCTTTACAATTCCGCGCCTTTGAAGCTGCTGATTTTCTCTCTCATCCTCTCCGCCTCTCTCACCACAACCACCTCCATCGCGCTAAGCTGCCATGCGAAGTGCGTCGACTCCAACATCTCCTATTCGCTGGGGATGTTCGCGCTCGCGCCGCTCTTCGCCGGCACTTGGATCGTGTGGTTGCAGCACAAGAGTAAGCTCGAGCGCCACCGATTGAGCTTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013196
ATGCCTTCTCCTTCTTCCATTATGTTTCTGCACATCTCTCTTTACAATTCCGCGCCTTTGAAGCTGCTGATTTTCTCTCTCATCCTCTCCGCCTCTCTCACCACAACCACCTCCATCGCGCTAAGCTGCCATGCGAAGTGCGTCGACTCCAACATCTCCTATTCGCTGGGGATGTTCGCGCTCGCGCCGCTCTTCGCCGGCACTTGGATCGTGTGGTTGCAGCACAAGAGTAAGCTCGAGCGCCACCGATTGAGCTTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797248.1
MPSPSSIMFLHISLYNSAPLKLLIFSLILSASLTTTTSIALSCHAKCVDSNISYSLGMFALAPLFAGTWIVWLQHKSKLERHRLSLFDRNGGNLLKKKLSNRRRSRSAHLKIYTAQDMEIATDNFSGTRSVMQRCKPGKFYRGTFENNREAAVMKIPALVPSKIEQFVDEVIFLSGAHGSLVRVLGCCLETSSPLVVYELHGDGNRTLADFGTRRGGACVLRAAAAAVRGLADLRSRNARAAGFLHGNFCGGNVLLDDSF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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