Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005888

染色体: Chr01 坐标: 74799101-74807566 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005888
名称SmilChr01G005888
描述receptor-like protein 36
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74799101 - 74807566 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006180
GeneID131006180
locus_tag-
NCBI NameLOC131006180
原始查询SmilChr01G005888

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 36
产物receptor-like protein 36
ArabidopsisAT1G71400 (RLP12)
receptor like protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843481]
identity=33.8; qcov=0.965; evalue=1.96e-137; confidence=low
RiceOs05g0170300
-
identity=33.6; qcov=0.974; evalue=4.51e-120; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006180

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789344.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789344.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789344.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789344.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789344.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74799160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,C42,D6
Chr1:74799208 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 115 A10,A13,A16,A22,A24,A4,A8,B1,B100,B101,B103,B104,B105,B107,B108,B11,B111,B112,B113,B117,B12,B122,B125,B126,B127,B128,B13,B131,B14,B15,B2,B20,B21,B29,B35,B42,B43,B46,B49,B51,B54,B57,B59,B6,B62,B63,B65,B68,B7,B70,B71,B72,B73,B78,B8,B80,B82,B83,B85,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B97,C1,C10,C11,C12,C14,C16,C18,C20,C28,C29,C32,C33,C35,C36,C39,C4,C42,C44,C46,C48,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C60,C65,C67,C68,C7,C70,C71,C76,C77,C78,C79,C8,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D5,D6,D7,D9
Chr1:74799213 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 100 A16,A22,A24,A4,A8,B1,B100,B101,B103,B105,B108,B111,B112,B113,B117,B12,B122,B125,B126,B127,B13,B131,B15,B2,B20,B21,B29,B35,B42,B43,B46,B49,B51,B57,B59,B6,B62,B63,B65,B68,B70,B71,B72,B73,B78,B8,B80,B82,B83,B85,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B97,C1,C10,C12,C14,C18,C20,C28,C29,C32,C35,C36,C39,C4,C42,C44,C46,C48,C53,C56,C57,C58,C60,C65,C67,C68,C7,C70,C71,C76,C77,C79,C8,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D5,D6,D7,D9
Chr1:74799226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,C18,C55,D5
Chr1:74799238 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B139,C20,C26,C80
Chr1:74799261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C80
Chr1:74799266 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr1:74799270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B30,B77,C23
Chr1:74799287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:74799328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C42
Chr1:74799329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B62,C76,D9
Chr1:74799362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789344.1
895 aa
N
1
448
895
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 30-70 aa PF00560 LRR_1 124-143 aa PF00560 LRR_1 173-195 aa PF00560 LRR_1 197-219 aa PF13855 LRR_8 197-256 aa PF23598 LRR_14 214-327 aa PF00560 LRR_1 221-243 aa PF00560 LRR_1 246-266 aa PF00560 LRR_1 317-338 aa PF23598 LRR_14 364-467 aa PF00560 LRR_1 366-387 aa PF00560 LRR_1 413-435 aa PF00560 LRR_1 437-459 aa PF00560 LRR_1 462-483 aa PF00560 LRR_1 509-531 aa PF00560 LRR_1 534-554 aa PF00560 LRR_1 558-580 aa PF13855 LRR_8 558-617 aa PF00560 LRR_1 698-718 aa PF13855 LRR_8 698-755 aa PF00560 LRR_1 720-741 aa PF13516 LRR_6 745-758 aa PF00560 LRR_1 745-766 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789344.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 70 4.7e-10 40.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 124 143 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 173 195 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 197 219 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 197 256 8.8e-47 157.4 Leucine rich repeat
XP_057789344.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 214 327 5e-63 213.7 Leucine-rich repeat region
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 221 243 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 246 266 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 317 338 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 364 467 5e-63 213.7 Leucine-rich repeat region
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 366 387 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 413 435 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 437 459 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 462 483 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 509 531 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 534 554 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 558 580 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 558 617 8.8e-47 157.4 Leucine rich repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 698 718 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 698 755 8.8e-47 157.4 Leucine rich repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 720 741 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789344.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 745 758 1.3e-05 25.5 Leucine Rich repeat
XP_057789344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 745 766 3.4e-66 205.5 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933361.1
TCGCACATTACTACTTTTGAAATCAAGCCTCAATGGATAGGTCTTCCCAATTTTCCCTTCTTACATCACTTTTGCTACTTCAATGGTTTATGAATTATAGCTCAGCCATCTCAGATGTCAACTCAGATCGTTCTTCACTTCTTACCTTAAAATCTCAAATCACTTCAGACCCACAAAATATATTGACCCAAAATTGGAGCACTGAAGCCAGTGTTTGCAGTTGGATCGGAGTTACTTGTGATTCACGTTACAATAGGGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006180
ATGGATAGGTCTTCCCAATTTTCCCTTCTTACATCACTTTTGCTACTTCAATGGTTTATGAATTATAGCTCAGCCATCTCAGATGTCAACTCAGATCGTTCTTCACTTCTTACCTTAAAATCTCAAATCACTTCAGACCCACAAAATATATTGACCCAAAATTGGAGCACTGAAGCCAGTGTTTGCAGTTGGATCGGAGTTACTTGTGATTCACGTTACAATAGGGTTACTCAGCTGAATATATCGTACATGGGTCTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789344.1
MDRSSQFSLLTSLLLLQWFMNYSSAISDVNSDRSSLLTLKSQITSDPQNILTQNWSTEASVCSWIGVTCDSRYNRVTQLNISYMGLVGTLPLEIGNLSSLVSLAANENSFHGPIPPSIFNLSFLEVLDLRNNSLSSSLPLDMCRHNLHRLKRLRISYNEMYGEIPSSLEKCSQLEFISVYNNNFSGFLPREIGNLTKLQTLYVGANNLSGDIPKEIGGLTNLQVLDMSSNSFNGHLPTEIGNLTMLQWLDLGTNKLSGIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器