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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005901

染色体: Chr01 坐标: 74908443-74909244 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005901
名称SmilChr01G005901
描述uncharacterized SmilChr01G005901
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74908443 - 74909244 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006192
GeneID131006192
locus_tag-
NCBI NameLOC131006192
原始查询SmilChr01G005901

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006192

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057789356.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057789356.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789356.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789356.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789356.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74908497 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 37 A15,B1,B103,B105,B112,B119,B120,B129,B135,B18,B19,B27,B4,B46,B5,B50,B7,B77,B89,C15,C22,C28,C29,C35,C39,C45,C49,C50,C56,C60,C66,C79,C8,C83,C86,D3,D8
Chr1:74908510 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 155 A10,A14,A15,A16,A19,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A6,A8,B1,B100,B101,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B112,B113,B115,B117,B118,B120,B121,B124,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B132,B135,B137,B138,B14,B140,B16,B18,B19,B2,B20,B21,B23,B26,B27,B28,B3,B34,B36,B37,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B51,B52,B54,B57,B58,B63,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B86,B88,B89,B9,B94,C1,C12,C13,C16,C17,C18,C2,C21,C22,C25,C26,C28,C29,C32,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C45,C47,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C58,C6,C61,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C71,C73,C74,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C85,C86,C87,C9,D10,D3,D4,D6,D7,D8
Chr1:74908514 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 47 A13,A16,A24,A4,B100,B110,B113,B118,B120,B127,B128,B13,B130,B135,B137,B14,B140,B16,B28,B36,B46,B47,B51,B52,B54,B57,B64,B69,B71,B73,B76,B78,B8,B86,B88,B94,C12,C16,C18,C4,C45,C52,C54,C55,C65,C73,D4
Chr1:74908518 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 8 A15,B1,B105,B120,C29,C66,C8,D8
Chr1:74908539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B42
Chr1:74908621 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 2 A16,B4
Chr1:74908621 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 2 A16,B4
Chr1:74908622 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 6 B1,B105,B57,C4,C55,C66
Chr1:74908677 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B13
Chr1:74908706 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B35
Chr1:74908706 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B35
Chr1:74908711 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 10 A15,A23,B28,B39,B95,C3,C33,C5,C51,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933373.1
TCCCTACTTCAACATACTCAAAAAACAATCAAAACCAAGCATGCATATTATTTCTCCCCAAGCAAACATTTTCAAGAGAACATCTTCATCAAATTTCTTAAACAAAAATCCCATGGATAGCTACGCAGGTTATAACAATTATCTACCTCCATATAATTTGGAGCCATCAAACATCAATGGATACCCTTCATCTTTCTGCCCCGACTTTGATTTTTCAAGCAAACAACATCACCCGAAAACGTCCCACATGATCAGATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006192
ATGCATATTATTTCTCCCCAAGCAAACATTTTCAAGAGAACATCTTCATCAAATTTCTTAAACAAAAATCCCATGGATAGCTACGCAGGTTATAACAATTATCTACCTCCATATAATTTGGAGCCATCAAACATCAATGGATACCCTTCATCTTTCTGCCCCGACTTTGATTTTTCAAGCAAACAACATCACCCGAAAACGTCCCACATGATCAGATGGAACTCGGGCAAGAGGGTCGACCCGAGGCTTCTGGGCATGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789356.1
MHIISPQANIFKRTSSSNFLNKNPMDSYAGYNNYLPPYNLEPSNINGYPSSFCPDFDFSSKQHHPKTSHMIRWNSGKRVDPRLLGMLEMFGEIYVERREFFDKIFHGDHEEVFKKIGHALKTKKKQMSKSGSMKRSTSMRAIRQRGLDAEEINELRAERFKIRTPNVIVAEGDEQGAQAANDSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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