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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005910

染色体: Chr01 坐标: 74957592-74960514 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005910
名称SmilChr01G005910
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74957592 - 74960514 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006196
GeneID131006196
locus_tag-
NCBI NameLOC131006196
原始查询SmilChr01G005910

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT1G47890 (RLP7)
receptor like protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841206]
identity=34.1; qcov=1.09; evalue=2.35e-123; confidence=low
RiceOs01g0163000
-
identity=34.8; qcov=1.09; evalue=3.45e-136; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006196

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789360.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789360.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789360.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789360.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789360.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74957724 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D11
Chr1:74957724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:74957762 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B70
Chr1:74957762 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B70
Chr1:74957766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:74957767 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B70
Chr1:74957767 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 B70
Chr1:74957787 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B70
Chr1:74957787 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 B70
Chr1:74957817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B6,C46,C84
Chr1:74957870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C69
Chr1:74957871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B86,B9,B97,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789360.1
888 aa
N
1
444
888
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 30-70 aa PF00560 LRR_1 203-225 aa PF00560 LRR_1 251-273 aa PF13855 LRR_8 275-335 aa PF00560 LRR_1 300-321 aa PF13516 LRR_6 399-412 aa PF00560 LRR_1 400-418 aa PF00560 LRR_1 469-489 aa PF00560 LRR_1 492-511 aa PF00560 LRR_1 515-533 aa PF00560 LRR_1 538-560 aa PF13855 LRR_8 684-736 aa PF00560 LRR_1 701-723 aa PF00560 LRR_1 725-747 aa PF00560 LRR_1 750-766 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789360.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 70 2.9e-07 31.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789360.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 203 225 1.7e-46 146.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789360.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 251 273 1.7e-46 146.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789360.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 275 335 1.4e-40 137.6 Leucine rich repeat
XP_057789360.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 300 321 1.7e-46 146.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789360.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 399 412 4.8e-07 30.1 Leucine Rich repeat
XP_057789360.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 400 418 1.7e-46 146.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789360.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 469 489 1.7e-46 146.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789360.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 492 511 1.7e-46 146.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789360.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 515 533 1.7e-46 146.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789360.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 538 560 1.7e-46 146.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789360.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 684 736 1.4e-40 137.6 Leucine rich repeat
XP_057789360.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 701 723 1.7e-46 146.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789360.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 725 747 1.7e-46 146.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789360.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 750 766 1.7e-46 146.8 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933377.1
TAAAGTTTGTAGAAAACACAAATCACAACACTATCAATTAATAGCCTCTTCATCACAATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGCCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCGATTCTTTCTTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAACGGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006196
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGCCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCGATTCTTTCTTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAACGGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGAATGTGATGTTGCTGGCTACGTCGTCAGTTTGCAGCTCGATTATGAGTTTATTTCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789360.1
MLPKLFFVISTLISSFIFTTHSYNTQCLHHQKILLLQLKDELSFDSFFSTKLVRWNETDECCKWHGVECDVAGYVVSLQLDYEFISGGIADSSSLFRLVHLQKLNLAYNSFNFTPIPKGIHNLTYLTHLNLSDAGFGGQVPAEISSLRRLVSLDISNYFISVKLEMLVQNLTGLRELYLDYANVTSSHERRKWSHIISSYLPNLTALSLSGCGLSGPLTKSFGQLHSLSILQLDWSDLSTELPDLFANFPSLTILSLYSC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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