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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005914

染色体: Chr01 坐标: 74979225-74984711 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005914
名称SmilChr01G005914
描述receptor-like protein Cf-9
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74979225 - 74984711 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013325
GeneID131013325
locus_tag-
NCBI NameLOC131013325
原始查询SmilChr01G005914

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein Cf-9
产物receptor-like protein Cf-9
ArabidopsisAT3G25020 (RLP42)
receptor like protein 42 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822093]
identity=35.3; qcov=0.916; evalue=2.49e-112; confidence=medium
RiceOs01g0163000
-
identity=33.8; qcov=1.05; evalue=6.59e-123; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013325

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797384.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797384.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797384.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797384.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797384.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74979227 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C24
Chr1:74979227 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C24
Chr1:74979253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B40
Chr1:74979255 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 76 A11,A13,A14,A16,A20,A8,A9,B1,B101,B104,B107,B109,B111,B112,B114,B117,B119,B123,B126,B128,B130,B131,B133,B134,B136,B137,B138,B14,B18,B25,B34,B36,B41,B44,B47,B5,B53,B54,B55,B6,B65,B73,B75,B78,B79,B8,B86,B91,B99,C15,C17,C19,C20,C27,C33,C40,C41,C44,C50,C51,C53,C57,C61,C62,C63,C66,C67,C69,C75,C77,C79,C80,C82,C86,C87,D2
Chr1:74979256 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 2 A8,B55
Chr1:74979256 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 2 A8,B55
Chr1:74979296 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 6 B5,B83,C10,C24,C52,C59
Chr1:74979316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B57,C25,C51
Chr1:74979329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,C45,C77
Chr1:74979387 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 101 A1,A11,A13,A22,A23,A25,A5,A6,A7,A9,B102,B105,B107,B108,B109,B113,B114,B120,B121,B127,B128,B130,B132,B135,B136,B137,B15,B19,B2,B22,B24,B27,B3,B30,B32,B37,B4,B40,B41,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B54,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B69,B71,B74,B82,B84,B86,B88,B9,B91,B93,B99,C1,C18,C19,C22,C24,C26,C31,C36,C38,C39,C40,C41,C43,C47,C49,C51,C52,C56,C57,C65,C67,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C83,C9,D3,D4,D6,D7
Chr1:74979460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C55
Chr1:74979462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B40,C55,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797384.1
938 aa
N
1
469
938
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_4
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF23598 LRR_14 266-469 aa PF00560 LRR_1 267-289 aa PF13855 LRR_8 314-374 aa PF00560 LRR_1 315-337 aa PF00560 LRR_1 339-358 aa PF13855 LRR_8 339-399 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF00560 LRR_1 440-461 aa PF00560 LRR_1 464-482 aa PF00560 LRR_1 533-553 aa PF12799 LRR_4 555-593 aa PF00560 LRR_1 556-575 aa PF00560 LRR_1 578-597 aa PF00560 LRR_1 602-624 aa PF13855 LRR_8 746-798 aa PF00560 LRR_1 763-785 aa PF00560 LRR_1 787-809 aa PF00560 LRR_1 812-828 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797384.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 266 469 3e-26 92.8 Leucine-rich repeat region
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 267 289 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 314 374 9e-41 138.2 Leucine rich repeat
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 315 337 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 339 358 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 339 399 9e-41 138.2 Leucine rich repeat
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 440 461 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 464 482 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 533 553 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 555 593 1.7e-44 149.6 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 556 575 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 578 597 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 602 624 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 746 798 9e-41 138.2 Leucine rich repeat
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 763 785 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 787 809 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797384.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 812 828 5.4e-48 151.3 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941401.1
ATGAATGCAGATGCAGCACTTAAGCAAACACACTTTTCACAGAAAACCACAACAACCACACCTGAGCAGAGTAACGTCAGACCACAGAGCAGAAAACACCACAACAGAGGTCACAGAAACCTCAGGAATGAAACCTCTGGAGTTCAGGAGCAGGGAAGAGCCCAGATCTCAGCACAGATTGATCTGTGGAGCAAGGTTTCACACTGGTCCCTCCAAGAAGTTCCAGGAGGACTATCTGAGTCCAGAGAAGGCTGCACAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013325
ATGAATGCAGATGCAGCACTTAAGCAAACACACTTTTCACAGAAAACCACAACAACCACACCTGAGCAGAGTAACGTCAGACCACAGAGCAGAAAACACCACAACAGAGGTCACAGAAACCTCAGGAATGAAACCTCTGGAGTTCAGGAGCAGGGAAGAGCCCAGATCTCAGCACAGATTGATCTGTGGAGCAAGGTTTCACACTGGTCCCTCCAAGAAGTTCCAGGAGGACTATCTGAGTCCAGAGAAGGCTGCACAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797384.1
MNADAALKQTHFSQKTTTTTPEQSNVRPQSRKHHNRGHRNLRNETSGVQEQGRAQISAQIDLWSKVSHWSLQEVPGGLSESREGCTITANRYRKWSGFAELRADQSPTAGAKVQASDDSRATQHGVECDVAGYVVSLQLDNESISGGIADSSSLFKLMHLQKLNLAYNDFINTPIPKGIHNLTYLTHLNLSHAEFGGQVPLQLSFLGRLVCLDISNYNSLTITFPNLELFVQNLTGLRELYLDGVNVTSSDHERRKWSHI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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