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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005916

染色体: Chr01 坐标: 74997556-75000357 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005916
名称SmilChr01G005916
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74997556 - 75000357 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006199
GeneID131006199
locus_tag-
NCBI NameLOC131006199
原始查询SmilChr01G005916

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT3G05650 (RLP32)
receptor like protein 32 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819732]
identity=33; qcov=1.04; evalue=2.04e-112; confidence=low
RiceOs12g0211500
-
identity=38.3; qcov=0.872; evalue=2.85e-125; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006199

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789361.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789361.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789361.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789361.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789361.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74997687 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B131,C69
Chr1:74997687 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 B131,C69
Chr1:74997693 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B131,C69
Chr1:74997693 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 B131,C69
Chr1:74997713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr1:74997754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:74997764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C20
Chr1:74997810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C12
Chr1:74997814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B18,B26,C12
Chr1:74997818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C16,C29,C50,C51
Chr1:74997820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B27
Chr1:74997835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B73,B78,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789361.1
865 aa
N
1
432
865
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 30-70 aa PF00560 LRR_1 203-225 aa PF13855 LRR_8 250-310 aa PF00560 LRR_1 252-273 aa PF00560 LRR_1 275-296 aa PF13516 LRR_6 374-387 aa PF00560 LRR_1 375-393 aa PF00560 LRR_1 444-464 aa PF00560 LRR_1 467-486 aa PF00560 LRR_1 489-508 aa PF00560 LRR_1 515-536 aa PF13855 LRR_8 661-713 aa PF00560 LRR_1 678-700 aa PF00560 LRR_1 702-724 aa PF00560 LRR_1 727-743 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789361.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 70 2.1e-06 28.6 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789361.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 203 225 7.3e-51 159.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789361.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 250 310 1.4e-42 143.9 Leucine rich repeat
XP_057789361.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 252 273 7.3e-51 159.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789361.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 275 296 7.3e-51 159.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789361.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 374 387 1.1e-15 57.1 Leucine Rich repeat
XP_057789361.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 375 393 7.3e-51 159.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789361.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 444 464 7.3e-51 159.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789361.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 467 486 7.3e-51 159.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789361.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 489 508 7.3e-51 159.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789361.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 515 536 7.3e-51 159.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789361.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 661 713 1.4e-42 143.9 Leucine rich repeat
XP_057789361.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 678 700 7.3e-51 159.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789361.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 702 724 7.3e-51 159.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789361.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 727 743 7.3e-51 159.8 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933378.1
TAAAATCACAATACTATCAATTAATAGCCTCTTCATCACAATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGTTTCAATTCTTCTCTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGGGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGAATGTGATGTTGCTGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006199
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGTTTCAATTCTTCTCTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGGGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGAATGTGATGTTGCTGGCTACGTCGTCAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTCCATTTCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789361.1
MLPKLFFVISTLISSFIFTTHSYNTQCLHHQKILLLQLKDELSFNSSLSTKLVRWNERDECCKWHGVECDVAGYVVSLQLDNESISGGIADSSSLFRLVHLQKLNLAYNYFNNTPIPKGIHNLTYLTHLNLSDAGFGGQVPAEISSLRRLVSLDISSDYIFVKLEMLVRNLTGLRELYLDDVNVNSSHERRKWSHIISSYLPNLTALSLSGCGLSGPLAKSFWQLHSLSILRLDYNNLGPELPDLFANFPTLTTLSLSNC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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