Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005920`

染色体: Chr01 坐标: 75030558-75031918 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005920`
名称	SmilChr01G005920
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	75030558 - 75031918 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006204`
GeneID	`131006204`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006204`
原始查询	`SmilChr01G005920`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
产物	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
Arabidopsis	`AT3G06240` (AT3G06240) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819798] identity=28.6; qcov=1.08; evalue=3.47e-24; confidence=low
Rice	`Os09g0479100` (OsFbox492) - identity=26.7; qcov=0.736; evalue=9.9e-13; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006204

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789367.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057789367.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057789367.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789367.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789367.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:75030660`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr1:75030802`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B100,B36,C12,C4
`Chr1:75030802`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B100,B36,C12,C4
`Chr1:75030805`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B100,B36,C12,C4
`Chr1:75030805`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B100,B36,C12,C4
`Chr1:75030908`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr1:75030942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C22,C53,C64,D7
`Chr1:75030967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C22,C53,C64,D7
`Chr1:75030995`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	1	B24
`Chr1:75030995`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B24
`Chr1:75031084`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	24	B118,B119,B120,B126,B135,B137,B139,B60,B62,B83,C10,C39,C42,C43,C53,C55,C58,C64,C78,C87,D5,D6,D7,D9
`Chr1:75031097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B91,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789367.1

367 aa

184

367

F-box-like

F-box

FBA_3

FBA_1

PF12937 F-box-like 36-67 aa PF00646 F-box 36-71 aa PF08268 FBA_3 114-266 aa PF07734 FBA_1 127-312 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789367.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	36	67	1.2e-05	25.7	F-box-like
`XP_057789367.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	36	71	1.1e-10	41.7	F-box domain
`XP_057789367.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	114	266	6.1e-10	39.3	F-box associated beta propeller domain
`XP_057789367.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	127	312	1.5e-15	57.8	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933384.1
GTTTATGATCTGGTCACAGAAGAAAAAGCGAAGAAGGTTCTTTCTTATGTTGAGAATAGTGCTATGCTGCCGAATCATGCAAAAATCCCACAAAATGCTGAAGAATCCGTCCTAGAAATTTCTCAAAACCCTCAAAAATCGATATCACCGCGGGTGGAGATCCATAAAGAAATCACCGAAGAAATACTGTCAAGACTGCCGGTGAAATCAATCCTAAGATTCAGGTGTGTTTCGACATCATGGCGATCTCTGATCGACAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006204
ATGCTGCCGAATCATGCAAAAATCCCACAAAATGCTGAAGAATCCGTCCTAGAAATTTCTCAAAACCCTCAAAAATCGATATCACCGCGGGTGGAGATCCATAAAGAAATCACCGAAGAAATACTGTCAAGACTGCCGGTGAAATCAATCCTAAGATTCAGGTGTGTTTCGACATCATGGCGATCTCTGATCGACAGCAAACGATTCATCAAAACCCACCTTCAAAATTCGGCAAGAAACCCTAGTTTAGCCCACCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789367.1
MLPNHAKIPQNAEESVLEISQNPQKSISPRVEIHKEITEEILSRLPVKSILRFRCVSTSWRSLIDSKRFIKTHLQNSARNPSLAHHKVLFHNKSIYKKVPTLMRRPVLDSSEDQALELEFPIDFHCIVGCCNGLVCLVGYKQFVLWNPSTGISKKLPPYFDDYKTRSICYNSCGFGWDESSGDYKVFATATMSARAIAKMYSLKRDSWKEVKGWDSWKTPDWCTTIWEMGVLASGSLHWERYYRRGVYAFDLKREVLGAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器