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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005931

染色体: Chr01 坐标: 75082800-75084372 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005931
名称SmilChr01G005931
描述uncharacterized SmilChr01G005931
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75082800 - 75084372 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006205
GeneID131006205
locus_tag-
NCBI NameLOC131006205
原始查询SmilChr01G005931

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006205

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789368.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057789368.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057789368.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789368.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789368.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75083073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B26,C40
Chr1:75083100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B73,B78,C51,C8
Chr1:75083155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,B91
Chr1:75083267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B44,B72,C83
Chr1:75083335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:75083362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B6,C47,C63
Chr1:75083384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,C44
Chr1:75083488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr1:75083492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B140,B23
Chr1:75083500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C62
Chr1:75083512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B70,C16,C33,C77
Chr1:75083529 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789368.1
360 aa
N
1
180
360
FBA_3
FBA_1
C
PF08268 FBA_3 19-298 aa PF07734 FBA_1 54-201 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789368.1 Pfam PF08268 FBA_3 Repeat 19 298 2.2e-10 40.8 F-box associated beta propeller domain
XP_057789368.1 Pfam PF07734 FBA_1 Repeat 54 201 1.5e-16 61.0 F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933385.1
AATTAGATTTTAATTAGAATCATATTAACGACTGATCCTCATGATCATCTCTCTCTCTCTTCTCTCCCTCACCTCTCTAGAGTTGGCGGATTCGCCTGATTGGGTTGCCTTGAAGCGTTATTAAGCTTTGATTCTATAGTATAAGAAAGATGAATGAGCTTGTTTTGAAATGTTTCGATGGTGGTGGCGATAATAAGTATTATTTATCTATTATGTCTCCTCAAGACATGTCTCCCAAGGAAGGCTTTGAAATTACCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006205
ATGAATGAGCTTGTTTTGAAATGTTTCGATGGTGGTGGCGATAATAAGTATTATTTATCTATTATGTCTCCTCAAGACATGTCTCCCAAGGAAGGCTTTGAAATTACCAATCTCTTCTTTTATGATAATGAAAATTATGTTAGTGGTAATATTTGTAGGATGCTATTGTATTTCTATTATCATGGCAAAATTGTTCTTTGCAACTTGACAACTAAAGAGCTGAAATTTATTGCTCCGCCGAAGAAACCCATTCAATATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789368.1
MNELVLKCFDGGGDNKYYLSIMSPQDMSPKEGFEITNLFFYDNENYVSGNICRMLLYFYYHGKIVLCNLTTKELKFIAPPKKPIQYNILFQGCGLGYDAKSGDYKLIQKYHLWSWCNVRHRSDYEETKTELYSLKSCSWKKIPSPDACICAHCGVYVEGSCYWQARLGPAFGGPSGELALDVLSFDFTSECFSCIPSPTGDDGLTYDLVECRGFLGAIAYESTDEESKCGAKSFELLVWKESSWAKSYVVALYGIENPLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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