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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005935

染色体: Chr01 坐标: 75108742-75111390 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005935
名称SmilChr01G005935
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75108742 - 75111390 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013437
GeneID131013437
locus_tag-
NCBI NameLOC131013437
原始查询SmilChr01G005935

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT3G11010 (RLP34)
receptor like protein 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820272]
identity=32.8; qcov=1.06; evalue=1.32e-117; confidence=low
RiceOs01g0163000
-
identity=34.6; qcov=1.09; evalue=5.08e-135; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013437

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797501.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797501.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797501.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797501.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797501.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75108763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr1:75108853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B119,B135,C11
Chr1:75108859 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B11,B119,B135,C11
Chr1:75108902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr1:75108978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B33,C30,C75,D10
Chr1:75109023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr1:75109039 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 16 A5,B112,B124,B13,B26,B29,B31,B76,B88,C28,C30,C38,C75,C78,C8,D10
Chr1:75109040 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 16 A5,B112,B124,B13,B26,B29,B31,B76,B88,C28,C30,C38,C75,C78,C8,D10
Chr1:75109079 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 13 A10,A20,B128,B133,B81,B98,C15,C19,C21,C22,C24,C69,C77
Chr1:75109089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B80,C65
Chr1:75109115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B76,C50,C74,C87,C9
Chr1:75109138 TCC * 2bp_deletion CDS_variant 4 A23,B59,C75,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797501.1
882 aa
N
1
441
882
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_4
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 35-70 aa PF00560 LRR_1 252-274 aa PF13855 LRR_8 270-312 aa PF00560 LRR_1 301-322 aa PF00560 LRR_1 350-363 aa PF00560 LRR_1 401-420 aa PF00560 LRR_1 469-489 aa PF12799 LRR_4 492-532 aa PF00560 LRR_1 493-512 aa PF00560 LRR_1 515-534 aa PF00560 LRR_1 539-561 aa PF00560 LRR_1 696-717 aa PF00560 LRR_1 719-741 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797501.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 35 70 2.1e-05 25.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797501.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 252 274 1.5e-49 155.9 Leucine Rich Repeat
XP_057797501.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 270 312 3e-43 146.1 Leucine rich repeat
XP_057797501.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 301 322 1.5e-49 155.9 Leucine Rich Repeat
XP_057797501.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 350 363 1.5e-49 155.9 Leucine Rich Repeat
XP_057797501.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 401 420 1.5e-49 155.9 Leucine Rich Repeat
XP_057797501.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 469 489 1.5e-49 155.9 Leucine Rich Repeat
XP_057797501.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 492 532 4.6e-41 138.6 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057797501.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 493 512 1.5e-49 155.9 Leucine Rich Repeat
XP_057797501.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 515 534 1.5e-49 155.9 Leucine Rich Repeat
XP_057797501.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 539 561 1.5e-49 155.9 Leucine Rich Repeat
XP_057797501.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 696 717 1.5e-49 155.9 Leucine Rich Repeat
XP_057797501.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 719 741 1.5e-49 155.9 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941518.1
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGTCTTCACCATCATAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCAATTCTTCTCGTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATCAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGACTGTGATGCTGCTGGCTACATCGTTAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTCCATTATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013437
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGTCTTCACCATCATAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCAATTCTTCTCGTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATCAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGACTGTGATGCTGCTGGCTACATCGTTAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTCCATTATTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797501.1
MLPKLFFVISTLISSFIFTTHSYNTQCLHHHKILLLQLKDELSFNSSRSTKLVRWNQSDECCKWPGVDCDAAGYIVSLQLDNESIISGGIADSSSLFRLVHLQKLNLAHNYFHYTPIPKGIHNLTYLTHLNLSHAGFGGQVPAEISSLRRLVSLDISYNDISVKLEMLVQNLTGLRELYLDGANVTSSHERRKWSHIISSYLPNLTALSLTSCGLSGPLDKSFGQLHSLSILRLDFNHLGTELPDLFANFPSLTTLSLFN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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