Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005946`

染色体: Chr01 坐标: 75194301-75195976 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005946`
名称	SmilChr01G005946
描述	uncharacterized SmilChr01G005946
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	75194301 - 75195976 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006219`
GeneID	`131006219`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006219`
原始查询	`SmilChr01G005946`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006219

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057789381.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057789381.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057789381.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057789381.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789381.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:75194628`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,D4
`Chr1:75194630`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B87,C51,C8
`Chr1:75194685`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr1:75194749`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,B24,B60,C34
`Chr1:75194753`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	A5,B82,B91,C75
`Chr1:75194753`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	CDS_variant	4	A5,B82,B91,C75
`Chr1:75194822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:75194893`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr1:75194976`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C36,C38
`Chr1:75195007`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A5,B1,B132,B82,B91,C36,C75
`Chr1:75195021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:75195029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C28,C46,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789381.1

392 aa

196

392

FBA_3

FBA_1

PF08268 FBA_3 17-299 aa PF07734 FBA_1 54-202 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789381.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	17	299	2.3e-09	37.5	F-box associated beta propeller domain
`XP_057789381.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	54	202	5.7e-15	55.8	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933398.1
TATATTAAGGCTTGATGATCCGCAAGTTTTGCACTAATTAGATTTTAATTAGAATCATATTAACGACTGATCCTCATCTCACTCTCTCTTCTCTCCCTCACCTCTCTAGAGTTGGCGGATTCGCCTGATTGGGTTGCCTTGAAGCGTTATTAAGCTTTGATTCTATAGTATAAGAAAGATGAATGAGATTGTTTTGAAATGTTTCGATGGTTGTGGCGATAATAAGTATTATTTATCTATTACGTCTCCTCAAGACATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006219
ATGAATGAGATTGTTTTGAAATGTTTCGATGGTTGTGGCGATAATAAGTATTATTTATCTATTACGTCTCCTCAAGACATGTCTCCCAAGGAAGGCTTTGAAATTACCAATCTTTTCTTTTATGATAATGAAAATTATGTTAGTGGTAATATTTGTCGGATGCTATTGTATTTCTATTATCATGGCAAAATTGTTCTTTGCAACCTAACAACTAAAGAGCTGGAATTTATTGCTCCGCCGAAGAAACCCATTCAATATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789381.1
MNEIVLKCFDGCGDNKYYLSITSPQDMSPKEGFEITNLFFYDNENYVSGNICRMLLYFYYHGKIVLCNLTTKELEFIAPPKKPIQYNILLQGCGLGYDAKSGDYKLIQKYHLWSWCNVRHRSDYEETKTELYSLKSCSWKEIPSPDARIAGGNCGVYVEGSCYWQASLGPAFGGPSGELALDVLSFDFTSECFSCIPSPTGDDGLTYDLVECRGFLGAIAYEYTDEQSKCGAKSFELLVWKESSWAKSFVVALYGIENPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器