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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005959

染色体: Chr01 坐标: 75305643-75308359 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005959
名称SmilChr01G005959
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75305643 - 75308359 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013548
GeneID131013548
locus_tag-
NCBI NameLOC131013548
原始查询SmilChr01G005959

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT3G11010 (RLP34)
receptor like protein 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820272]
identity=33.5; qcov=1.04; evalue=1.79e-117; confidence=low
RiceOs12g0215950
-
identity=33.6; qcov=1.1; evalue=1.21e-132; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013548

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797653.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797653.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797653.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797653.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797653.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75305806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr1:75305811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr1:75305812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,C55,C57
Chr1:75305825 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 A23
Chr1:75305825 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 A23
Chr1:75305879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr1:75305909 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B106,B7,C19,C61
Chr1:75305928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C19,C23,C57
Chr1:75305943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr1:75306055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr1:75306063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr1:75306107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797653.1
891 aa
N
1
446
891
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 30-70 aa PF00560 LRR_1 210-232 aa PF00560 LRR_1 258-280 aa PF13855 LRR_8 282-342 aa PF00560 LRR_1 307-327 aa PF00560 LRR_1 407-425 aa PF00560 LRR_1 476-496 aa PF00560 LRR_1 499-518 aa PF13855 LRR_8 521-580 aa PF00560 LRR_1 522-541 aa PF00560 LRR_1 545-567 aa PF00560 LRR_1 709-730 aa PF00560 LRR_1 732-754 aa PF00560 LRR_1 757-773 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797653.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 70 5e-06 27.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797653.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 210 232 1.7e-48 152.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797653.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 258 280 1.7e-48 152.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797653.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 282 342 5.4e-41 138.9 Leucine rich repeat
XP_057797653.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 307 327 1.7e-48 152.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797653.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 407 425 1.7e-48 152.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797653.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 476 496 1.7e-48 152.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797653.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 499 518 1.7e-48 152.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797653.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 521 580 5.4e-41 138.9 Leucine rich repeat
XP_057797653.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 522 541 1.7e-48 152.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797653.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 545 567 1.7e-48 152.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797653.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 709 730 1.7e-48 152.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797653.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 732 754 1.7e-48 152.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797653.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 757 773 1.7e-48 152.8 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941670.1
CACAAATCACAACACTATCAATTAATAGCCTCTTCATCACAATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCAATTCTTCTCGTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATCAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGACTGTGATGCTGCTGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013548
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCAATTCTTCTCGTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATCAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGACTGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATCGTGAGTTCATTTCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797653.1
MLPKLFFVISTLISSFIFTTHSYNTQCLHHQKILLLQLKDELSFNSSRSTKLVRWNQSDECCKWPGVDCDAAGYVVSLQLDREFISGGIADSSSLFRLVHLQKLNLAHNYFNYTPIPKGIHNLTYLTHLNLSHAGFGGQVPAEISSLRRLVSLDISNWYWGSVSLIELPNLELFVQNLTGLRELYLDGVNVTSSHERRKWSHIISSYLPNLTALSLSGCGLSGPLTKSFGQLHSLSILQLDFNDLGTELPDLFANFPSLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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