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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005960

染色体: Chr01 坐标: 75321286-75324063 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005960
名称SmilChr01G005960
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75321286 - 75324063 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006228
GeneID131006228
locus_tag-
NCBI NameLOC131006228
原始查询SmilChr01G005960

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT3G11010 (RLP34)
receptor like protein 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820272]
identity=33.6; qcov=1.05; evalue=2.51e-122; confidence=low
RiceOs12g0211500
-
identity=36.4; qcov=0.92; evalue=2.75e-122; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006228

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789386.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789386.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789386.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789386.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789386.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75321312 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:75321411 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B69,B71,B85,B90,D8
Chr1:75321411 CA C 1bp_deletion CDS_variant 5 B69,B71,B85,B90,D8
Chr1:75321415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B117,B21,B59
Chr1:75321512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr1:75321546 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C28
Chr1:75321546 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 C28
Chr1:75321553 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 27 A13,A6,B100,B105,B18,B24,B25,B52,B62,B68,B78,B8,B88,B93,C12,C14,C23,C29,C4,C43,C55,C56,C57,C65,C76,C86,D9
Chr1:75321556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B68,C14,C23,C86
Chr1:75321557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B50,B64,C1
Chr1:75321580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C55
Chr1:75321589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B68,C14,C23,C55,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789386.1
890 aa
N
1
445
890
LRRNT_2
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 30-70 aa PF13516 LRR_6 98-113 aa PF00560 LRR_1 210-232 aa PF00560 LRR_1 258-280 aa PF00560 LRR_1 307-328 aa PF13516 LRR_6 355-368 aa PF00560 LRR_1 356-369 aa PF00560 LRR_1 407-425 aa PF00560 LRR_1 476-496 aa PF00560 LRR_1 499-518 aa PF00560 LRR_1 522-540 aa PF00560 LRR_1 545-567 aa PF00560 LRR_1 708-730 aa PF00560 LRR_1 732-754 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789386.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 70 1.6e-06 29.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789386.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 98 113 3.7e-08 33.5 Leucine Rich repeat
XP_057789386.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 210 232 1.8e-49 155.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789386.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 258 280 1.8e-49 155.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789386.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 307 328 1.8e-49 155.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789386.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 355 368 3.7e-08 33.5 Leucine Rich repeat
XP_057789386.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 356 369 1.8e-49 155.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789386.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 407 425 1.8e-49 155.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789386.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 476 496 1.8e-49 155.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789386.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 499 518 1.8e-49 155.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789386.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 522 540 1.8e-49 155.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789386.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 545 567 1.8e-49 155.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789386.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 708 730 1.8e-49 155.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789386.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 732 754 1.8e-49 155.7 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933403.1
CACTTCATCACAATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTACAATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGTTTCAATTCTTCTCTTTCAACAAAACTGGTGCGATGGAATAAAAGGGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGAATGTGATGTTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006228
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTACAATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGTTTCAATTCTTCTCTTTCAACAAAACTGGTGCGATGGAATAAAAGGGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGAATGTGATGTTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATGATGAGTCTATTTCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789386.1
MLPKLFFVISTLISSFIFTTHSYNTQCLHHQKILLLQLKDELSFNSSLSTKLVRWNKRDECCKWHGVECDVAGYVVSLQLDDESISGGIADSSSLFKLMHLQKLNLAYNDFNNTPIPKGIHNLTYLTHLNLSHAGFGGQVPAEISSLRRLVSLDISNWYWGSVSLIELPNLELFVQNLTGLRELYLNGVNVTSSRERRKWSHIISSYLPNLTALSLSGCGLSGPLTKSFGQLHSLSILQLDFNDLGTELPDLFANFPSLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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