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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005961

染色体: Chr01 坐标: 75338658-75341099 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005961
名称SmilChr01G005961
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75338658 - 75341099 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013555
GeneID131013555
locus_tag-
NCBI NameLOC131013555
原始查询SmilChr01G005961

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT3G11010 (RLP34)
receptor like protein 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820272]
identity=33; qcov=1.08; evalue=3.45e-111; confidence=low
RiceOs12g0211500
-
identity=37.7; qcov=0.978; evalue=4.35e-126; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013555

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797665.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797665.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797665.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797665.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797665.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75338724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B82,C41,C46,D3
Chr1:75338729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B52
Chr1:75338731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B99
Chr1:75338750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B82,C11,C41,D3
Chr1:75338758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B52
Chr1:75338791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B82,D3
Chr1:75338796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B82,D3
Chr1:75338804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr1:75338837 C CT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 1 C63
Chr1:75338837 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 C63
Chr1:75338905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr1:75339876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797665.1
813 aa
N
1
406
813
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF00560 LRR_1 151-173 aa PF13855 LRR_8 198-258 aa PF00560 LRR_1 200-221 aa PF00560 LRR_1 223-244 aa PF13516 LRR_6 322-335 aa PF00560 LRR_1 323-341 aa PF00560 LRR_1 392-412 aa PF00560 LRR_1 415-434 aa PF00560 LRR_1 437-456 aa PF00560 LRR_1 463-484 aa PF13855 LRR_8 609-661 aa PF00560 LRR_1 626-648 aa PF00560 LRR_1 650-672 aa PF00560 LRR_1 675-691 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 151 173 1.4e-51 162.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797665.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 198 258 1.6e-42 143.8 Leucine rich repeat
XP_057797665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 200 221 1.4e-51 162.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 223 244 1.4e-51 162.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797665.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 322 335 1.9e-16 59.4 Leucine Rich repeat
XP_057797665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 323 341 1.4e-51 162.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 392 412 1.4e-51 162.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 415 434 1.4e-51 162.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 437 456 1.4e-51 162.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 463 484 1.4e-51 162.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797665.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 609 661 1.6e-42 143.8 Leucine rich repeat
XP_057797665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 626 648 1.4e-51 162.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 650 672 1.4e-51 162.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 675 691 1.4e-51 162.0 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941682.1
ATGCGATGGAATGAAAGGGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGAATGTGATGTTGCTGGCTACGTCGTCAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTCCATTTCTGGTGGAATCGCGGATTCATCGAGTCTCTTCAGACTTGTGCATCTGCAGAAGCTAAATCTAGCCTACAATTATTTCAACAACACTCCCATCCCGAAAGGTATTCACAATCTCACCTATTTGACACACTTGAATTTATCCGATGCTGGATTTGGTGGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013555
ATGCGATGGAATGAAAGGGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGAATGTGATGTTGCTGGCTACGTCGTCAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTCCATTTCTGGTGGAATCGCGGATTCATCGAGTCTCTTCAGACTTGTGCATCTGCAGAAGCTAAATCTAGCCTACAATTATTTCAACAACACTCCCATCCCGAAAGGTATTCACAATCTCACCTATTTGACACACTTGAATTTATCCGATGCTGGATTTGGTGGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797665.1
MRWNERDECCKWHGVECDVAGYVVSLQLDNESISGGIADSSSLFRLVHLQKLNLAYNYFNNTPIPKGIHNLTYLTHLNLSDAGFGGQVPAEISSLRRLVSLDISSDYIFVKLEMLVRNLTGLRELYLDDVNVNSSHERRKWSHIISSYLPNLTALSLSGCGLSGPLAKSFWQLHSLSILRLDYNNLGPELPDLFANFPTLTTLSLSNCSLKGSIPSTFANLTNLIRLDLSDNSFSGNIPHSLFALPSLLELDLSYNQFNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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