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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005966

染色体: Chr01 坐标: 75372206-75373023 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005966
名称SmilChr01G005966
描述uncharacterized SmilChr01G005966
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75372206 - 75373023 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006233
GeneID131006233
locus_tag-
NCBI NameLOC131006233
原始查询SmilChr01G005966

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830167]; symbol=AT4G40045; hit=AT4G40045; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830167]; symbol=AT4G40045; hit=AT4G40045; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G40045 (AT4G40045)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830167]
identity=47.2; qcov=0.761; evalue=5.54e-25; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006233

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057789391.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057789391.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057789391.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789391.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789391.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75372441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B110,B60,B66
Chr1:75372486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,B31,B53
Chr1:75372536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B16,B59,B87,B88
Chr1:75372675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,D6
Chr1:75372706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,B79,B81,B82,B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933408.1
CCAAAGCTCATCCACCATTTTTTTCCACTTGCTCGACCATTTTAACCACACACAGAAACTGCTAACACTGATGTTGTACTTTATGAACAACTGATTGTACATTATTTCGTTATTTTCTTCCTACTTCGAAATTCATATTGTTCCATTTACACACACACACACACACACACACAGTCGAAGCCCACTGAAATTCGAAATCAATGTTATCGCTGAGAATTCCTCCGCCGCTGCCGCTCCCAATCTCCTCCTCCTTCAAATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006233
ATGTTATCGCTGAGAATTCCTCCGCCGCTGCCGCTCCCAATCTCCTCCTCCTTCAAATCCAAACTTCTCCGTCCAATTCCGCCCCTTCAAACTCCTAATCTCCCCTCGCTCTCGATTTCCCCCAAAAAATCGCGTCCAAATAAATCCCTAATTCACGCGCAAAACGGCGACAAGGAGCTGCCGAAAGAGAACGGCGGCGAGGAAAAGGTGAACGATGAGCGGCCGAGATTGAATCTGAAGTGGGCGGACCTCCTGCTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789391.1
MLSLRIPPPLPLPISSSFKSKLLRPIPPLQTPNLPSLSISPKKSRPNKSLIHAQNGDKELPKENGGEEKVNDERPRLNLKWADLLLDRDPDNIVAVGLTGLLTWASVQVLWQLFVISAAIVLAALKYTIVAALLVFILITLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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