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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005976

染色体: Chr01 坐标: 75423908-75432727 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005976
名称SmilChr01G005976
描述uncharacterized SmilChr01G005976
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75423908 - 75432727 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006243
GeneID131006243
locus_tag-
NCBI NameLOC131006243
原始查询SmilChr01G005976

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Rab3 GTPase-activating protein catalytic protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835964]; symbol=AT5G58510; hit=AT5G58510; species=arabidopsis; confidence=high
产物Rab3 GTPase-activating protein catalytic protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835964]; symbol=AT5G58510; hit=AT5G58510; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G58510 (AT5G58510)
Rab3 GTPase-activating protein catalytic protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835964]
identity=59.2; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0295700
-
identity=57.4; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005096 (GTPase activator activity); GO:0043547 (positive regulation of GTPase activity)
KEGG-
PfamPF13890 (Rab3-GTPase_cat)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006243

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057789404.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057789406.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057789400.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057789400.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789405.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75424183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr1:75424193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr1:75424229 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr1:75424298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr1:75424615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr1:75424638 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr1:75424726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr1:75424747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B56,B64
Chr1:75424756 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 12 A14,A8,B10,B11,B47,B6,C17,C21,C25,C26,C63,C67
Chr1:75424885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B118,B130,B6,B7
Chr1:75424931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr1:75424936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B29,B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789400.1
929 aa
N
1
464
929
Rab3-GTPase_cat
C
PF13890 Rab3-GTPase_cat 556-705 aa
XP_057789401.1
929 aa
N
1
464
929
Rab3-GTPase_cat
C
PF13890 Rab3-GTPase_cat 556-705 aa
XP_057789402.1
929 aa
N
1
464
929
Rab3-GTPase_cat
C
PF13890 Rab3-GTPase_cat 556-705 aa
XP_057789403.1
928 aa
N
1
464
928
Rab3-GTPase_cat
C
PF13890 Rab3-GTPase_cat 555-704 aa
XP_057789404.1
902 aa
N
1
451
902
Rab3-GTPase_cat
C
PF13890 Rab3-GTPase_cat 529-678 aa
XP_057789405.1
784 aa
N
1
392
784
Rab3-GTPase_cat
C
PF13890 Rab3-GTPase_cat 411-560 aa
XP_057789406.1
762 aa
N
1
381
762
Rab3-GTPase_cat
C
PF13890 Rab3-GTPase_cat 556-705 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789400.1 Pfam PF13890 Rab3-GTPase_cat Family 556 705 3.2e-55 186.8 Rab3 GTPase-activating protein catalytic subunit
XP_057789401.1 Pfam PF13890 Rab3-GTPase_cat Family 556 705 3.2e-55 186.8 Rab3 GTPase-activating protein catalytic subunit
XP_057789402.1 Pfam PF13890 Rab3-GTPase_cat Family 556 705 3.2e-55 186.8 Rab3 GTPase-activating protein catalytic subunit
XP_057789403.1 Pfam PF13890 Rab3-GTPase_cat Family 555 704 3.2e-55 186.8 Rab3 GTPase-activating protein catalytic subunit
XP_057789404.1 Pfam PF13890 Rab3-GTPase_cat Family 529 678 3e-55 186.9 Rab3 GTPase-activating protein catalytic subunit
XP_057789405.1 Pfam PF13890 Rab3-GTPase_cat Family 411 560 2.3e-55 187.3 Rab3 GTPase-activating protein catalytic subunit
XP_057789406.1 Pfam PF13890 Rab3-GTPase_cat Family 556 705 2.4e-55 187.2 Rab3 GTPase-activating protein catalytic subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933420.1
AATACAAACTGAAATGACATAAATTTTGCAAAATATTAAAACAGGAAGCGAAAAAAAAAATCCAATCTTTGAAGATACAATCCGATTTGCTGAATTTAAAACAAAAACACCGCCACTATATGCAGCATCTGCATCACAAGAATCCCATTTATGATGCAATTGTAACAATTTCTCCGAGTAAATAATCGAATTCCTGAGGGAAAAAGGGGGGTGAAATACCAGGAATTCAGAAGCTGAAAATCCTCCAATTCTCTTCGTTG...
XM_057933421.1
AATACAAACTGAAATGACATAAATTTTGCAAAATATTAAAACAGGAAGCGAAAAAAAAAATCCAATCTTTGAAGATACAATCCGATTTGCTGAATTTAAAACAAAAACACCGCCACTATATGCAGCATCTGCATCACAAGAATCCCATTTATGATGCAATTGTAACAATTTCTCCGAGTAAATAATCGAATTCCTGAGGGAAAAAGGGGGGTGAAATACCAGGAATTCAGAAGCTGAAAATCCTCCAATTCTCTTCGTTG...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131006243
ATGAAGTCTACCAGCAATTCAAAAGGCATCATGGAGGACAATGACGAAGAAGAGGAGTTTGAGCATTTTGATGATTTTACTCTTGCCTCGTCATGGGAAAGGTTCATTTCTGAGATAGAGGCTGTCTGTCGACAGTGGTTGGCTGATGGCCCAAAGAATCTATTGGCAAAGTCTGCTGTTCAGGTGAATCAGTTGAACAATTTGTACAAGGTCAAATCTGAGTTCAAGTATGCTGCGAAAAGTTATTGCATGGAGTACTA...
LOC131006243
ATGAAGTCTACCAGCAATTCAAAAGGCATCATGGAGGACAATGACGAAGAAGAGGAGTTTGAGCATTTTGATGATTTTACTCTTGCCTCGTCATGGGAAAGGTTCATTTCTGAGATAGAGGCTGTCTGTCGACAGTGGTTGGCTGATGGCCCAAAGAATCTATTGGCAAAGTCTGCTGTTCAGGTGAATCAGTTGAACAATTTGTACAAGGTCAAATCTGAGTTCAAGTATGCTGCGAAAAGTTATTGCATGGAGTACTA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057789400.1
MKSTSNSKGIMEDNDEEEEFEHFDDFTLASSWERFISEIEAVCRQWLADGPKNLLAKSAVQVNQLNNLYKVKSEFKYAAKSYCMEYYFATVDDGKIPDWDHALHDLQLSFGVKEFVVIAPQSASGVVLDAPEASKLLSAVAIALSNCSCLWPAFVPVHDSSRKAYIGIQNMGTVFTRRFEADRIGSQVPVKLMHLEGLYELFVSKFAYAAVDWSMNHFEVHFKMKLTYRTPMYDDEDEIPDPDADITGSSENPEGEIHGK...
XP_057789401.1
MKSTSNSKGIMEDNDEEEEFEHFDDFTLASSWERFISEIEAVCRQWLADGPKNLLAKSAVQVNQLNNLYKVKSEFKYAAKSYCMEYYFATVDDGKIPDWDHALHDLQLSFGVKEFVVIAPQSASGVVLDAPEASKLLSAVAIALSNCSCLWPAFVPVHDSSRKAYIGIQNMGTVFTRRFEADRIGSQVPVKLMHLEGLYELFVSKFAYAAVDWSMNHFEVHFKMKLTYRTPMYDDEDEIPDPDADITGSSENPEGEIHGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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