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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005990

染色体: Chr01 坐标: 75506859-75509763 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005990
名称SmilChr01G005990
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75506859 - 75509763 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006251
GeneID131006251
locus_tag-
NCBI NameLOC131006251
原始查询SmilChr01G005990

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT1G45616 (RLP6)
receptor like protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841101]
identity=33.8; qcov=1.11; evalue=6.01e-126; confidence=low
RiceOs12g0211500
-
identity=37.4; qcov=1.01; evalue=3.89e-154; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006251

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789416.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789416.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789416.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789416.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789416.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75507049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B76,B81,C82
Chr1:75507107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,D2
Chr1:75507246 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 68 A14,A19,A2,A24,A9,B1,B104,B106,B114,B118,B12,B121,B122,B125,B129,B131,B132,B133,B136,B17,B19,B21,B22,B26,B31,B32,B33,B38,B39,B42,B43,B44,B53,B58,B6,B60,B66,B68,B75,B77,B79,B87,B90,B91,B94,C15,C20,C22,C24,C30,C31,C32,C37,C43,C45,C47,C5,C59,C61,C63,C67,C68,C81,C86,D2,D3,D5,D7
Chr1:75507341 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 25 A13,A18,A2,B11,B122,B128,B28,B45,B47,B55,B62,B72,C11,C15,C30,C4,C56,C57,C71,C72,C76,C77,C82,C84,D8
Chr1:75507407 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B85
Chr1:75507415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:75507503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C55
Chr1:75507535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C59,D10
Chr1:75507541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B21
Chr1:75507564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B62,C41,C56,C71,C72
Chr1:75507615 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr1:75507659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789416.1
912 aa
N
1
456
912
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_6
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 28-69 aa PF00560 LRR_1 256-278 aa PF00560 LRR_1 280-299 aa PF13855 LRR_8 305-365 aa PF00560 LRR_1 330-351 aa PF00560 LRR_1 430-448 aa PF00560 LRR_1 501-519 aa PF00560 LRR_1 524-540 aa PF00560 LRR_1 544-562 aa PF00560 LRR_1 567-589 aa PF13855 LRR_8 710-764 aa PF00560 LRR_1 729-751 aa PF13855 LRR_8 746-788 aa PF13516 LRR_6 752-766 aa PF00560 LRR_1 753-775 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789416.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 28 69 1.4e-07 32.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789416.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 256 278 1.2e-45 144.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789416.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 280 299 1.2e-45 144.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789416.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 305 365 3.9e-37 126.5 Leucine rich repeat
XP_057789416.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 330 351 1.2e-45 144.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789416.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 430 448 1.2e-45 144.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789416.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 501 519 1.2e-45 144.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789416.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 524 540 1.2e-45 144.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789416.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 544 562 1.2e-45 144.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789416.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 567 589 1.2e-45 144.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789416.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 710 764 3.9e-37 126.5 Leucine rich repeat
XP_057789416.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 729 751 1.2e-45 144.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789416.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 746 788 3.9e-37 126.5 Leucine rich repeat
XP_057789416.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 752 766 3.2e-09 36.9 Leucine Rich repeat
XP_057789416.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 753 775 1.2e-45 144.3 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933433.1
GTTTGTAGAAAGCACAATACAATCATCAATTAATTAATAGGCTCTTCACAATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCATCGTTATTTGTACACTAATTTCCTCCTTCACCTTCACCAATTCTCATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAACCTTGTTGCTTCAACTCAAAGATGAATTGAACTTCAATTCCTCTCTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCTCGGTGTGGAATGTGATGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006251
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCATCGTTATTTGTACACTAATTTCCTCCTTCACCTTCACCAATTCTCATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAACCTTGTTGCTTCAACTCAAAGATGAATTGAACTTCAATTCCTCTCTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCTCGGTGTGGAATGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTCCATTTCTGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789416.1
MLPKLFFIVICTLISSFTFTNSHTQCLHHQKTLLLQLKDELNFNSSLSTKLVRWNESDECCKWLGVECDAAGYVVSLQLDNESISGGIADSSSLFKLMDLQKLNLASNDFNNTPIPKGIHNLTYLTHLNLSYGYFGGQVPLQLSFLRRLVCLDISHEYSESPSLELPNLEMLVQNLTGLRELYLGGVNVTSSDEKRNWIHIISSYLPNLTTLRLTRCGLSGPLAKSSGQLHSLSFLRLDMNDLGTELPDLFANFPSLTTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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