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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005997

染色体: Chr01 坐标: 75552914-75556146 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005997
名称SmilChr01G005997
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75552914 - 75556146 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006248
GeneID131006248
locus_tag-
NCBI NameLOC131006248
原始查询SmilChr01G005997

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT1G47890 (RLP7)
receptor like protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841206]
identity=34.2; qcov=1.01; evalue=3.61e-140; confidence=low
RiceOs04g0480500
-
identity=38.6; qcov=1.06; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006248

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789413.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789413.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789413.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789413.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789413.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75553080 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 72 A1,A14,A15,A18,A20,A21,A22,A24,A7,B108,B113,B117,B119,B123,B124,B126,B134,B135,B14,B2,B20,B23,B26,B28,B31,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B51,B56,B59,B63,B67,B69,B73,B74,B76,B77,B81,B83,B87,B93,B95,B96,B97,C1,C10,C13,C14,C15,C17,C21,C24,C33,C35,C36,C48,C5,C57,C70,C71,C74,C76,C8,C82,C84,C87,C9
Chr1:75553086 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 69 A1,A14,A15,A18,A20,A21,A22,A24,A7,B108,B113,B117,B119,B123,B124,B126,B134,B135,B14,B2,B20,B23,B26,B28,B31,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B51,B56,B59,B63,B67,B69,B73,B74,B76,B77,B81,B83,B87,B93,B96,B97,C1,C10,C13,C14,C15,C17,C21,C24,C33,C35,C36,C48,C57,C70,C71,C74,C76,C82,C84,C87,C9
Chr1:75553129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:75553152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B95,C27,C78,C9
Chr1:75553168 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 1 A10
Chr1:75553168 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 1 A10
Chr1:75553190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C33
Chr1:75553216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B39,B79
Chr1:75553223 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B123,B4,C67,D3
Chr1:75553223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B4,C67,D3
Chr1:75553244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C8,D10
Chr1:75553250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B29,B67,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789413.1
1015 aa
N
1
508
1015
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 27-68 aa PF00560 LRR_1 98-121 aa PF13855 LRR_8 233-291 aa PF00560 LRR_1 281-300 aa PF00560 LRR_1 330-351 aa PF13855 LRR_8 353-413 aa PF00560 LRR_1 429-449 aa PF00560 LRR_1 527-546 aa PF00560 LRR_1 601-622 aa PF00560 LRR_1 625-644 aa PF00560 LRR_1 672-694 aa PF13855 LRR_8 812-866 aa PF00560 LRR_1 831-851 aa PF13516 LRR_6 854-869 aa PF00560 LRR_1 855-877 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789413.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 27 68 1.6e-08 35.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789413.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 98 121 1e-47 150.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789413.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 233 291 3.4e-49 165.2 Leucine rich repeat
XP_057789413.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 281 300 1e-47 150.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789413.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 330 351 1e-47 150.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789413.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 353 413 3.4e-49 165.2 Leucine rich repeat
XP_057789413.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 429 449 1e-47 150.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789413.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 527 546 1e-47 150.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789413.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 601 622 1e-47 150.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789413.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 625 644 1e-47 150.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789413.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 672 694 1e-47 150.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789413.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 812 866 3.4e-49 165.2 Leucine rich repeat
XP_057789413.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 831 851 1e-47 150.5 Leucine Rich Repeat
XP_057789413.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 854 869 3.8e-08 33.5 Leucine Rich repeat
XP_057789413.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 855 877 1e-47 150.5 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933430.1
CTGAATCTCAATCCATCTTTCTAGTGGCTTATTTAAAGCCACATGCACATATCTCATATATACCTGCAAGTTTCACAATGCTTCCAAAGCTGTTCTTCACCATTTCTACACTAATTTCCTTCTTCACCTTCACTTATTCTCACACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAACCTTGCTGCTTCAGTTCAAGAACGACTTGATATTCGATTCTTCTTTCTCAACAAAGCTGGTGCAGTGGAATCAAACGGATGACTGCTGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006248
ATGCTTCCAAAGCTGTTCTTCACCATTTCTACACTAATTTCCTTCTTCACCTTCACTTATTCTCACACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAACCTTGCTGCTTCAGTTCAAGAACGACTTGATATTCGATTCTTCTTTCTCAACAAAGCTGGTGCAGTGGAATCAAACGGATGACTGCTGCAGCTGGCACGGCGTGGCATGCGACGCTGCAGGCAACGTCGTGAGCCTGCACCTCGACGACGAGGCCATCTCCGGTGGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789413.1
MLPKLFFTISTLISFFTFTYSHTQCLHHQKTLLLQFKNDLIFDSSFSTKLVQWNQTDDCCSWHGVACDAAGNVVSLHLDDEAISGGIGDSSTLFRLAHLQKLNLAYNNFNSTPIPRAIHNLTYLTHFNLSNAGFGGQVPAEISSLRRLASLDLSNDYWDIDEPLRLEHPNMEMLLQNMTSITELYLDGVFLSSHERRKWSHIVSSSLPNLTGLSLVWCSLSGPLAKSFSRLHSLSVLRLDSNNLSAVAADMFINFSSLTT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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