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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006000

染色体: Chr01 坐标: 75581816-75589798 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006000
名称SmilChr01G006000
描述receptor-like protein 47
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75581816 - 75589798 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006258
GeneID131006258
locus_tag-
NCBI NameLOC131006258
原始查询SmilChr01G006000

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 47
产物receptor-like protein 47
ArabidopsisAT2G33060 (RLP27)
receptor like protein 27 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817868]
identity=34.7; qcov=0.912; evalue=4.08e-100; confidence=low
RiceOs01g0132100
-
identity=41.3; qcov=0.85; evalue=8.74e-126; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006258

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789423.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789423.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789423.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789423.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789423.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75581924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr1:75581925 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C82
Chr1:75581927 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 10 A4,A6,B12,B130,B42,B43,C19,C35,C70,C74
Chr1:75582023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,D5
Chr1:75582030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B55
Chr1:75582158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B20,C48
Chr1:75582159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C19
Chr1:75582167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr1:75582185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B20,C48,C59,C61
Chr1:75582217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B88,C19
Chr1:75582232 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 7 A4,A6,B130,B42,B43,C82,D9
Chr1:75582305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789423.1
754 aa
N
1
377
754
LRRNT_2
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 29-70 aa PF00560 LRR_1 101-122 aa PF13516 LRR_6 148-162 aa PF00560 LRR_1 149-171 aa PF13516 LRR_6 196-210 aa PF00560 LRR_1 198-217 aa PF13516 LRR_6 243-258 aa PF00560 LRR_1 244-264 aa PF00560 LRR_1 293-309 aa PF00560 LRR_1 339-359 aa PF13516 LRR_6 362-377 aa PF00560 LRR_1 364-382 aa PF00560 LRR_1 412-433 aa PF13516 LRR_6 432-448 aa PF00560 LRR_1 554-574 aa PF00560 LRR_1 576-598 aa PF00560 LRR_1 626-643 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789423.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 70 3.6e-09 37.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 101 122 3.1e-45 143.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789423.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 148 162 7.9e-14 51.3 Leucine Rich repeat
XP_057789423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 149 171 3.1e-45 143.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789423.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 196 210 7.9e-14 51.3 Leucine Rich repeat
XP_057789423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 198 217 3.1e-45 143.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789423.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 243 258 7.9e-14 51.3 Leucine Rich repeat
XP_057789423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 244 264 3.1e-45 143.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 293 309 3.1e-45 143.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 339 359 3.1e-45 143.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789423.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 362 377 7.9e-14 51.3 Leucine Rich repeat
XP_057789423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 382 3.1e-45 143.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 412 433 3.1e-45 143.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789423.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 432 448 7.9e-14 51.3 Leucine Rich repeat
XP_057789423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 554 574 3.1e-45 143.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 576 598 3.1e-45 143.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 626 643 3.1e-45 143.1 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933440.1
GGCCAACTTTGGAAGACTTGAGATATCCAAGTCTTTCTAGTGGTAGCTTTAAAGCCCAAAATATACACCAGTGATGTGTATAGAGAGCATCATCACTCACAAATCACAATGCTAATTTATTTGCTTCTTCATCTTCTCACCATCTCTTTAATTTCATCTGCAAATTTGACTGATGCATACAAGCAATGCCTCCATCACCAGAAAACACTGTTACTTGAGCTGAAGAGCAACTTAACGTTCGATTCTTCCATTTCAAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006258
ATGCTAATTTATTTGCTTCTTCATCTTCTCACCATCTCTTTAATTTCATCTGCAAATTTGACTGATGCATACAAGCAATGCCTCCATCACCAGAAAACACTGTTACTTGAGCTGAAGAGCAACTTAACGTTCGATTCTTCCATTTCAAGAAAACTAGTGCAATGGAATCAAACCAATGATTGCTGCGAGTGGGAAGGTGTGGAATGCGACGCTGCAGGCCGTGTTATAAATTTGCAGCTCGACTACGAGTCTCTTTCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789423.1
MLIYLLLHLLTISLISSANLTDAYKQCLHHQKTLLLELKSNLTFDSSISRKLVQWNQTNDCCEWEGVECDAAGRVINLQLDYESLSGTIEKLSTLSRLMYLERLNLAYNSLNGSIPLSLFGLPLLQQLKLSNNNFSGHVDEFPSLTLSHLEELDLSSNHLQGPIPNSFFKLQSLQLLSLANNLFNGTFQLNKIRKLPNLTTLDLSHNNLSVDASSISSSFPQLYQLSLVSCNLSSFPNLRNQSNLRFLDLSNNRIGGEIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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