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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006007

染色体: Chr01 坐标: 75628535-75634446 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006007
名称SmilChr01G006007
描述receptor-like protein 34
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75628535 - 75634446 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006246
GeneID131006246
locus_tag-
NCBI NameLOC131006246
原始查询SmilChr01G006007

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 34
产物receptor-like protein 34
ArabidopsisAT3G11010 (RLP34)
receptor like protein 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820272]
identity=32.4; qcov=0.959; evalue=3.29e-118; confidence=low
RiceOs10g0469000
-
identity=32.9; qcov=1.07; evalue=1.24e-131; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006246

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789409.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789409.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789409.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789409.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789409.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75628608 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr1:75628610 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A23,B10,B118,B140,B59,B81,B86,B91,B97,C40,C59,C8,D4
Chr1:75628626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr1:75628629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr1:75628642 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B60
Chr1:75628642 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B60
Chr1:75628644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B80
Chr1:75628715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B20,C48
Chr1:75628716 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr1:75628721 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B4
Chr1:75628721 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B4
Chr1:75628869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789409.1
1078 aa
N
1
539
1078
LRRNT_2
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 32-70 aa PF13516 LRR_6 98-113 aa PF00560 LRR_1 101-122 aa PF00560 LRR_1 199-220 aa PF13855 LRR_8 223-281 aa PF13855 LRR_8 246-305 aa PF23598 LRR_14 250-351 aa PF00560 LRR_1 270-292 aa PF00560 LRR_1 294-316 aa PF00560 LRR_1 318-340 aa PF00560 LRR_1 367-387 aa PF13855 LRR_8 515-574 aa PF00560 LRR_1 516-537 aa PF00560 LRR_1 612-633 aa PF00560 LRR_1 637-657 aa PF00560 LRR_1 686-705 aa PF00560 LRR_1 731-753 aa PF13855 LRR_8 731-789 aa PF00560 LRR_1 755-777 aa PF00560 LRR_1 805-823 aa PF00560 LRR_1 873-893 aa PF13516 LRR_6 894-909 aa PF00560 LRR_1 895-917 aa PF00560 LRR_1 920-941 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789409.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 32 70 3.3e-08 34.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789409.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 98 113 1.8e-08 34.5 Leucine Rich repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 101 122 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 199 220 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 223 281 1.2e-66 221.1 Leucine rich repeat
XP_057789409.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 246 305 1.2e-66 221.1 Leucine rich repeat
XP_057789409.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 250 351 4e-59 200.9 Leucine-rich repeat region
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 270 292 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 294 316 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 318 340 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 367 387 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 515 574 1.2e-66 221.1 Leucine rich repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 516 537 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 612 633 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 637 657 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 686 705 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 731 753 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 731 789 1.2e-66 221.1 Leucine rich repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 755 777 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 805 823 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 873 893 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 894 909 1.8e-08 34.5 Leucine Rich repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 895 917 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789409.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 920 941 7.9e-85 261.0 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933426.1
GAAGACATTTTTTAAATTATTAAATTAGGTGGCATAAATACTACTCCATATATACATATACCCTCCCATTCGATTAACAAAACAAAATCACATGCAATTACTCCATATCTATGGATACTTCTTTCTCATTTCCTTTCACACTTAACCTCTTACTTCTAAGCATCTTCTTCTTCTTCACCCTCATCTCATCACTCGATCTCACCACAGATCAACAAGCTCTACTCGCTTTCAAAAAACGCATAACGTTAGACACAAATAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006246
ATGGATACTTCTTTCTCATTTCCTTTCACACTTAACCTCTTACTTCTAAGCATCTTCTTCTTCTTCACCCTCATCTCATCACTCGATCTCACCACAGATCAACAAGCTCTACTCGCTTTCAAAAAACGCATAACGTTAGACACAAATAATGTCCTAACCAGCAACTGGCTCACCAACACCTCCGTCTGCGGCTGGGCCGGCGTCTCGTGCGGCGCCAAACACCACCGCGTCACCGCCCTCAATCTCTCCGGCCTCGCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789409.1
MDTSFSFPFTLNLLLLSIFFFFTLISSLDLTTDQQALLAFKKRITLDTNNVLTSNWLTNTSVCGWAGVSCGAKHHRVTALNLSGLALGGTLAPHLGNLTFLRSLDVSSNDFTGAIPPELSNLRRLEEIDARYNNLTGEIPAGFFTNMSALVGIDLRFNKLSGELPSDLCRNTPKLKRLFLRENQIYGKIPASIYRCTELEDLRLAYNQFSGEIPTEIGNLTMLTMLSIYANYFQGNIPPSIFNISSLEVMYLSINNLSGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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