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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006011

染色体: Chr01 坐标: 75669840-75713567 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006011
名称SmilChr01G006011
描述laccase-15-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75669840 - 75713567 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006261
GeneID131006261
locus_tag-
NCBI NameLOC131006261
原始查询SmilChr01G006011

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述laccase-15-like
产物laccase-15-like
ArabidopsisAT5G09360 (LAC14)
laccase 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830795]
identity=45.2; qcov=0.996; evalue=3.59e-179; confidence=high
RiceOs02g0749700 (OsLAC10)
-
identity=47.1; qcov=1; evalue=6.4e-180; confidence=high
GOGO:0005507 (copper ion binding); GO:0046274 (lignin catabolic process); GO:0048046 (apoplast); GO:0052716 (hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity)
KEGG-
PfamPF00394 (Cu-oxidase); PF07731 (Cu-oxidase_2); PF07732 (Cu-oxidase_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006261

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057789426.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789426.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789426.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789426.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789426.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75669940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr1:75670103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr1:75670155 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C45
Chr1:75670155 T TG 1bp_insertion CDS_variant 1 C45
Chr1:75670532 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B30,B59,D10
Chr1:75670538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,D10
Chr1:75670561 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B6,C63,C67
Chr1:75670597 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B57,B78,C69
Chr1:75670606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr1:75670652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C7
Chr1:75670675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B73
Chr1:75670698 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789426.1
573 aa
N
1
286
573
Cu-oxidase_3
Cu-oxidase
Cu-oxidase_2
C
PF07732 Cu-oxidase_3 32-146 aa PF00394 Cu-oxidase 159-288 aa PF07731 Cu-oxidase_2 411-547 aa
XP_057789427.1
572 aa
N
1
286
572
Cu-oxidase_3
Cu-oxidase
Cu-oxidase_2
C
PF07732 Cu-oxidase_3 32-146 aa PF00394 Cu-oxidase 158-303 aa PF07731 Cu-oxidase_2 410-546 aa
XP_057789428.1
570 aa
N
1
285
570
Cu-oxidase_3
Cu-oxidase
Cu-oxidase_2
C
PF07732 Cu-oxidase_3 29-143 aa PF00394 Cu-oxidase 156-285 aa PF07731 Cu-oxidase_2 408-544 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789426.1 Pfam PF07732 Cu-oxidase_3 Domain 32 146 4.1e-41 140.5 Multicopper oxidase
XP_057789426.1 Pfam PF00394 Cu-oxidase Domain 159 288 4.3e-37 128.4 Multicopper oxidase
XP_057789426.1 Pfam PF07731 Cu-oxidase_2 Domain 411 547 4.4e-41 140.6 Multicopper oxidase
XP_057789427.1 Pfam PF07732 Cu-oxidase_3 Domain 32 146 5.1e-40 137.0 Multicopper oxidase
XP_057789427.1 Pfam PF00394 Cu-oxidase Domain 158 303 4.9e-36 124.9 Multicopper oxidase
XP_057789427.1 Pfam PF07731 Cu-oxidase_2 Domain 410 546 1.3e-40 139.1 Multicopper oxidase
XP_057789428.1 Pfam PF07732 Cu-oxidase_3 Domain 29 143 4e-41 140.5 Multicopper oxidase
XP_057789428.1 Pfam PF00394 Cu-oxidase Domain 156 285 4.2e-37 128.4 Multicopper oxidase
XP_057789428.1 Pfam PF07731 Cu-oxidase_2 Domain 408 544 4e-41 140.7 Multicopper oxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933444.1
AAAAGGAAATAAATACACACCACTGAAAAAAATGTCTTGTTATAGGAAGCTCAAGGTTTTCATGCTGTGCTACCTTGGTATTATTATGGCTCCAGTTGATGCTTTAGTTCATCATAAGTTTGAAGTGAGAAGATCTTCACACACAAGGCTATGCACCACCAAAAGCATGCTAACAGTAAACGGGCAGTTCCCAGGGCCAACTATATATGCTCGAAGGGGAGAATTGGTAGTAGTCGATGTTATTAATCGTGCCGATGCAA...
XM_057933443.1
GGAAATAAATACACACCACTGAAAAAAATGTCTTGTTATAGGAAGCTCAAGGTTTTCATGCTGTGCTACCTTGGTATTATTATGGCTCCAGTTGATGCTTTAGTTCATCATAAGTTTGAAGTGAGAAGAACTTCACACACAAGGCTATGCACCACCAAAAGCATGCTAACGGTAAACGGGCAATTCCCAGGGCCAACTATATATGCAAGAAGGGGAGAATTGGTGGTAGTCGATGTTATTAATCGTGCCGATGCAAATAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131006261
ATGTCTTGTTATAGGAAGCTCAAGGTTTTCATGCTGTGCTACCTTGGTATTATTATGGCTCCAGTTGATGCTTTAGTTCATCATAAGTTTGAAGTGAGAAGAACTTCACACACAAGGCTATGCACCACCAAAAGCATGCTAACGGTAAACGGGCAATTCCCAGGGCCAACTATATATGCAAGAAGGGGAGAATTGGTGGTAGTCGATGTTATTAATCGTGCCGATGCAAATATTACTATCCATTGGCATGGAGTAAAAAT...
LOC131006261
ATGTCTTGTTATAGGAAGCTCAAGGTTTTCATGCTGTGCTACCTTGGTATTATTATGGCTCCAGTTGATGCTTTAGTTCATCATAAGTTTGAAGTGAGAAGATCTTCACACACAAGGCTATGCACCACCAAAAGCATGCTAACAGTAAACGGGCAGTTCCCAGGGCCAACTATATATGCTCGAAGGGGAGAATTGGTAGTAGTCGATGTTATTAATCGTGCCGATGCAAATATTACTATCCATTGGCATGGAGTAAAAAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057789426.1
MSCYRKLKVFMLCYLGIIMAPVDALVHHKFEVRRTSHTRLCTTKSMLTVNGQFPGPTIYARRGELVVVDVINRADANITIHWHGVKMPRYPWTDGVDAVTQCPITPGKSFRQRVLLSDEEGTLFWHAHIDWARATVYGAIVILPPKTHTYPFPKPHAQLPILLGEWWNDDVQQIYEDFIAGGGSAQLSDAFLMNGQPGDQYPCSEQDTLKLSVQPGKTYLIRMVNAMMNFIMYFKIKDHNLTVVGTDGAYTKPLNTDHIA...
XP_057789427.1
MSCYRKLKVFMLCYLGIIMAPVDALVHHKFEVRRSSHTRLCTTKSMLTVNGQFPGPTIYARRGELVVVDVINRADANITIHWHGVKMPRYPWTDGVDSVTQCPITPGKSFRQRILLSDEEGTLFWHAHIDWTRATVHGAIIILPPKTHTYPFPKPHAEFPILLGEWWNDDVQQVYEDFIARGQSAQLSDAFLMNGQPGDQYPCSKQDTLKLSVEPGKTYLIRMINAMMNFIMYLKIKDHNVTVVGMDGAYTKPLNTDHIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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