Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006014

染色体: Chr01 坐标: 75731162-75732955 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006014
名称SmilChr01G006014
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75731162 - 75732955 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013669
GeneID131013669
locus_tag-
NCBI NameLOC131013669
原始查询SmilChr01G006014

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT4G13920 (RLP50)
receptor like protein 50 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827026]
identity=32.1; qcov=1.09; evalue=2.95e-68; confidence=low
RiceOs01g0163000
-
identity=33.1; qcov=1.2; evalue=1.82e-86; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013669

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797786.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797786.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797786.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797786.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797786.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75731242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B133,B28,B64
Chr1:75731260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C10,C21,C58,C64
Chr1:75731271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B104,B27,C32,C54
Chr1:75731360 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B26,B37,B94
Chr1:75731360 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 3 B26,B37,B94
Chr1:75731375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B6,C63,C67,D3
Chr1:75731376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,B34
Chr1:75731384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B27,C36,C66,D1
Chr1:75731412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr1:75731421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B110,B77,C36
Chr1:75731470 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 2 B6,C67
Chr1:75731470 GAA G 2bp_deletion CDS_variant 2 B6,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797786.1
597 aa
N
1
298
597
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 27-70 aa PF13855 LRR_8 204-264 aa PF00560 LRR_1 205-227 aa PF00560 LRR_1 253-275 aa PF13855 LRR_8 277-337 aa PF00560 LRR_1 302-322 aa PF00560 LRR_1 351-364 aa PF00560 LRR_1 402-420 aa PF00560 LRR_1 497-513 aa PF00560 LRR_1 520-536 aa PF00560 LRR_1 542-563 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797786.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 27 70 3.1e-06 28.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797786.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 204 264 1.6e-33 114.9 Leucine rich repeat
XP_057797786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 205 227 3.7e-40 128.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 253 275 3.7e-40 128.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797786.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 277 337 1.6e-33 114.9 Leucine rich repeat
XP_057797786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 302 322 3.7e-40 128.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 351 364 3.7e-40 128.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 402 420 3.7e-40 128.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 497 513 3.7e-40 128.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 520 536 3.7e-40 128.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797786.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 542 563 3.7e-40 128.0 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941803.1
ATGCTTCCGAAGTTGTTATTCATCTCTATTCTTGTCTCCTTCATTTTGAGTACTCATTCTTATAATACCCAATGCCTTCACCATCAAAAAACATTGTTGCTTCAACTCAGGAATGAGTTGATCTTGGAGTTCGAACCTTCTGATTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGGGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGAATGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTCCATTATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013669
ATGCTTCCGAAGTTGTTATTCATCTCTATTCTTGTCTCCTTCATTTTGAGTACTCATTCTTATAATACCCAATGCCTTCACCATCAAAAAACATTGTTGCTTCAACTCAGGAATGAGTTGATCTTGGAGTTCGAACCTTCTGATTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGGGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGAATGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTCCATTATTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797786.1
MLPKLLFISILVSFILSTHSYNTQCLHHQKTLLLQLRNELILEFEPSDSTKLVRWNERDECCKWPGVECDAAGYVVSLQLDNESIISGGIADSSSLFRLMHLQKLNLAYNYFNNTPIPKGIHNLTYLTHLNLSNAYFGGQVPAEISSLRRLVSLDLSHDYVSVKLEMVVQNLTGLRELYLDDSNVTSSHHESRKRSHIISSYLPNLTTLSLVDCGLSGTLAKSFGQLHSLSILRLDFNDLSTELPDLFANFPSLTTLSLF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器