Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006017

染色体: Chr01 坐标: 75751734-75759911 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006017
名称SmilChr01G006017
描述uncharacterized SmilChr01G006017
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75751734 - 75759911 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006247
GeneID131006247
locus_tag-
NCBI NameLOC131006247
原始查询SmilChr01G006017

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830327]; symbol=AT5G04480; hit=AT5G04480; species=arabidopsis; confidence=high
产物UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830327]; symbol=AT5G04480; hit=AT5G04480; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G04480 (AT5G04480)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830327]
identity=61.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0546200
-
identity=37.4; qcov=0.536; evalue=5.89e-103; confidence=medium
GOGO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00534 (Glycos_transf_1); PF13692 (Glyco_trans_1_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006247

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057789410.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057789410.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057789411.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789410.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789410.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75752096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B23
Chr1:75752168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr1:75752212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr1:75754349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B63,B86,B97
Chr1:75754591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C71,C82
Chr1:75755947 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B59
Chr1:75755947 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B59
Chr1:75756049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B6,C63,C67,C87
Chr1:75756166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr1:75756912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,B55
Chr1:75757234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C40
Chr1:75757349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789410.1
1043 aa
N
1
522
1043
Glycos_transf_1
Glyco_trans_1_4
C
PF00534 Glycos_transf_1 393-506 aa PF13692 Glyco_trans_1_4 403-501 aa
XP_057789411.1
878 aa
N
1
439
878
Glycos_transf_1
Glyco_trans_1_4
C
PF00534 Glycos_transf_1 228-341 aa PF13692 Glyco_trans_1_4 238-336 aa
XP_057789412.1
878 aa
N
1
439
878
Glycos_transf_1
Glyco_trans_1_4
C
PF00534 Glycos_transf_1 228-341 aa PF13692 Glyco_trans_1_4 238-336 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789410.1 Pfam PF00534 Glycos_transf_1 Domain 393 506 1.3e-14 54.9 Glycosyl transferases group 1
XP_057789410.1 Pfam PF13692 Glyco_trans_1_4 Domain 403 501 1.9e-08 35.4 Glycosyl transferases group 1
XP_057789411.1 Pfam PF00534 Glycos_transf_1 Domain 228 341 9.7e-15 55.2 Glycosyl transferases group 1
XP_057789411.1 Pfam PF13692 Glyco_trans_1_4 Domain 238 336 1.4e-08 35.8 Glycosyl transferases group 1
XP_057789412.1 Pfam PF00534 Glycos_transf_1 Domain 228 341 9.7e-15 55.2 Glycosyl transferases group 1
XP_057789412.1 Pfam PF13692 Glyco_trans_1_4 Domain 238 336 1.4e-08 35.8 Glycosyl transferases group 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933427.1
AAAAAAACGCGTCACGTTAAAAAGTCGAGAAATTTTCATGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATCTTCTTCTTCGAATCACTGTCACACTATCAACACTCTGATAACGAACCACTCTCTCTCTCTCTCCCTCACACACACACACACACCTGAAAACCGTCTCCGATTCTTCAATCACTTCGAAATTGAGTGAACTGGAGCTCAAAAGATCCCCGAGATTGGGATCAAATGGGTCGCAACTCAATACCCCCCGGAGATTCAG...
XM_057933429.1
GTGGTCGGTGAAGGAGGGGTTGGAGCTGGGGAGCTCGCTGGAGTTTGTGCCTCGGCGGAGGCTAGAGCTGAACGGAAGCCGGCTCGATTTGCTCAGAAGCCAGCCGAGGATTGGTATTCGGCCTCCTAGGATCGCTTTGGGAACATGAAGAAAGATCCTTCAGCACTATTGCTGTATTCTTTGATGAAGAACTTAAAAGGTCTCGGCTATCTGCTTAAGTTATTTGCCCTCAAAGATGGCAGAGCTCGTTCTGTCTGGCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131006247
ATGGGTCGCAACTCAATACCCCCCGGAGATTCAGCTTCCGACGACGCATCGGCGGCCACATTCCACTCGATCCGCGACCGTTTCGCCTTCAAGCGGTACCACAACGCTAGCAGCGCGGCCGAACTTCCGCGCTCCTCCAAAACGGCGACGTCAGCGCACAAAACCTCCCGATCTCACCACCACAAGCAGCGGAAGCTATCGTTCTACCCATTCAAAGGCAAATCGAGGCTCTACGTGTGCATTTTCACGGTGCTTTTCGT...
LOC131006247
ATGAAGAAAGATCCTTCAGCACTATTGCTGTATTCTTTGATGAAGAACTTAAAAGGTCTCGGCTATCTGCTTAAGTTATTTGCCCTCAAAGATGGCAGAGCTCGTTCTGTCTGGCAAGAGCTTGGAGGTCCAGTTTCAATTTTATGGCCTGAAAGATATGGTTACATTGATTGGTCAATTTATGAAGGTATTGTTGCGGATTCCCTTGAGGCAAAACATGCCATTTCCAGCCTTATGCAGGAGCCTTTTTGCTCTGTGCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057789410.1
MGRNSIPPGDSASDDASAATFHSIRDRFAFKRYHNASSAAELPRSSKTATSAHKTSRSHHHKQRKLSFYPFKGKSRLYVCIFTVLFVFFVASMVLQSSIMLAFRQGVGGERMRWRWSVKEGLELGSSLEFVPRRRLELNGSRLDLLRSQPRIGIRPPRIALILGNMKKDPSALLLYSLMKNLKGLGYLLKLFALKDGRARSVWQELGGPVSILWPERYGYIDWSIYEGIVADSLEAKHAISSLMQEPFCSVPLIWIIQED...
XP_057789411.1
MKKDPSALLLYSLMKNLKGLGYLLKLFALKDGRARSVWQELGGPVSILWPERYGYIDWSIYEGIVADSLEAKHAISSLMQEPFCSVPLIWIIQEDTLASRLQLYEDKDWGHLISNWKIAFSRADLVVFPEFSFPMLYSVLDTGNFFVIPGSPIDVWAAESYSETHSKSQLRKENGFHDDDLLVLVLGSSFFYYDLAWDYAVAMHDLEPVLLKYAGQNDVGFTSKFIFLCGNSSKVYSDALQDIATRLGLKQGSLMHFGIN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器