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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006019

染色体: Chr01 坐标: 75780842-75781189 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006019
名称SmilChr01G006019
描述cyclin-dependent protein kinase inhibitor SMR1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75780842 - 75781189 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013686
GeneID131013686
locus_tag-
NCBI NameLOC131013686
原始查询SmilChr01G006019

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cyclin-dependent protein kinase inhibitor SMR1-like
产物cyclin-dependent protein kinase inhibitor SMR1-like
ArabidopsisAT5G02420 (AT5G02420)
cyclin-dependent kinase inhibitor SMR3-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831836]
identity=35.6; qcov=0.757; evalue=5.07e-07; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0032875 (regulation of DNA endoreduplication)
KEGG-
PfamPF27568 (SMR_1-15)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013686

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797797.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797797.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797797.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797797.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057797797.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75780931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B124
Chr1:75780942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr1:75781032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:75781087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr1:75781148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C59,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797797.1
115 aa
N
1
58
115
SMR_1-15
C
PF27568 SMR_1-15 18-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797797.1 Pfam PF27568 SMR_1-15 Domain 18 96 4.6e-15 56.4 Cyclin-dependent protein kinase inhibitors

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941814.1
ATGTCTGCAGATCTCGAAATCAGACTTCCAATCATCGATGCTGCGCCGACTTCTCAAGATTCCGACAAGATTGACAGCATTGATGGCGACAGCGAGAGCTGCATCAGTGAGGAGGAAGAGTGCCTGACTCCGAAATCAACGGAGCACATGATCCCGGCGGCGCTCAGCCCCCCGCCGGCGCCGAAGAAGCCGCTGCGGCGGCGGGGCTCCTCGTGCAAGAGGAAGCTCTACGAGCTCGACTTCTTCGAGGCCGTGGCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013686
ATGTCTGCAGATCTCGAAATCAGACTTCCAATCATCGATGCTGCGCCGACTTCTCAAGATTCCGACAAGATTGACAGCATTGATGGCGACAGCGAGAGCTGCATCAGTGAGGAGGAAGAGTGCCTGACTCCGAAATCAACGGAGCACATGATCCCGGCGGCGCTCAGCCCCCCGCCGGCGCCGAAGAAGCCGCTGCGGCGGCGGGGCTCCTCGTGCAAGAGGAAGCTCTACGAGCTCGACTTCTTCGAGGCCGTGGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797797.1
MSADLEIRLPIIDAAPTSQDSDKIDSIDGDSESCISEEEECLTPKSTEHMIPAALSPPPAPKKPLRRRGSSCKRKLYELDFFEAVAEDKIDAFFRKAEENIGGAVAAAAKRRCVV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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