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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006020

染色体: Chr01 坐标: 75791512-75792986 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006020
名称SmilChr01G006020
描述non-symbiotic hemoglobin 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75791512 - 75792986 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006270
GeneID131006270
locus_tag-
NCBI NameLOC131006270
原始查询SmilChr01G006020

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述non-symbiotic hemoglobin 2
产物non-symbiotic hemoglobin 2
ArabidopsisAT3G10520 (HB2)
hemoglobin 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820216]
identity=74.7; qcov=0.98; evalue=9.81e-84; confidence=high
RiceOs03g0233900 (NSHB1)
non-symbiotic hemoglobin 1-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4332166]
identity=57; qcov=0.987; evalue=1.03e-55; confidence=high
GOGO:0019825 (oxygen binding); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00042 (Globin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006270

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057789445.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057789445.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789445.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789445.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789445.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75791641 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr1:75791873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B19
Chr1:75792317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:75792367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:75792372 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B109
Chr1:75792372 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789445.1
153 aa
N
1
76
153
Globin
C
PF00042 Globin 29-147 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789445.1 Pfam PF00042 Globin Domain 29 147 3.4e-22 79.9 Globin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933462.1
GAGACATACTATAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGGGGAGTTTTAGTGAGAAGCAAGAAGCATTAGTTAAAGAATCATGGGAATTCATGAAACAAGATGCCCCTCAGCTCAGTCTTCGTTTCTTCACTCTGATTCTGGAGATAGCACCTGCGGCTAAGAACATGTTCTCATTTCTCAAAGACTCAGAAGAAATCCCACAAAATAATCCCAAGCTAAAGGCTCATGCTGTTAAAGTTTTCAAGATGACATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006270
ATGGGGAGTTTTAGTGAGAAGCAAGAAGCATTAGTTAAAGAATCATGGGAATTCATGAAACAAGATGCCCCTCAGCTCAGTCTTCGTTTCTTCACTCTGATTCTGGAGATAGCACCTGCGGCTAAGAACATGTTCTCATTTCTCAAAGACTCAGAAGAAATCCCACAAAATAATCCCAAGCTAAAGGCTCATGCTGTTAAAGTTTTCAAGATGACATGTGAGTCAGCCATTCAACTACATGAGAAAGGTGAAGTAGTAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789445.1
MGSFSEKQEALVKESWEFMKQDAPQLSLRFFTLILEIAPAAKNMFSFLKDSEEIPQNNPKLKAHAVKVFKMTCESAIQLHEKGEVVVADTTLKWLGSVHLQKGVIDPHFEVVKEALLRTMKEAMGEKWSEEMSNSWAGAYDHLATAIKNEMKA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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