Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006035

染色体: Chr01 坐标: 75867731-75869173 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006035
名称SmilChr01G006035
描述uncharacterized SmilChr01G006035
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75867731 - 75869173 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006295
GeneID131006295
locus_tag-
NCBI NameLOC131006295
原始查询SmilChr01G006035

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006295

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057789476.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057789476.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057789476.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789476.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789476.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75868088 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 9 B10,B126,B44,B58,B60,B72,B82,C15,C24
Chr1:75868089 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 9 B10,B126,B44,B58,B60,B72,B82,C15,C24
Chr1:75868109 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 23 A23,A9,B1,B102,B123,B125,B140,B24,B26,B59,B68,B69,B81,B90,B91,B92,C2,C40,C46,C62,C7,C70,D11
Chr1:75868117 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B10,C59,D4
Chr1:75868117 C CA 1bp_insertion CDS_variant 3 B10,C59,D4
Chr1:75868119 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 23 A23,A9,B1,B102,B123,B125,B140,B24,B26,B59,B68,B69,B81,B90,B91,B92,C2,C40,C46,C62,C7,C70,D11
Chr1:75868122 T TC 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 32 A1,A23,A9,B1,B102,B123,B125,B137,B140,B24,B26,B55,B57,B59,B68,B69,B71,B78,B81,B88,B90,B91,B92,C14,C2,C23,C40,C46,C62,C7,C70,D11
Chr1:75868134 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 32 A1,A23,A9,B1,B102,B123,B125,B137,B140,B24,B26,B55,B57,B59,B68,B69,B71,B78,B81,B88,B90,B91,B92,C14,C2,C23,C40,C46,C62,C7,C70,D11
Chr1:75868402 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B96
Chr1:75868402 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B96
Chr1:75868504 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 11 A20,B117,B17,B19,B47,B75,B9,C1,C36,C5,C58
Chr1:75868572 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 16 A1,B137,B38,B39,B55,B57,B61,B71,B78,B8,B88,C12,C14,C23,C3,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933493.1
AGGCGGGAGATCAAAAATTGGCTTGCCTCTCTCTATAAATAGCGTGCCTCTTCAAACAAAAACCCCAAAAGCATTAGGGTTTAGGAGTGAGATCAAAATTGGGTTGCCCCTTTGTCTACAAATTGCGTCATCCCCACCCCAATTGACTTGCGTAGGTTGCAATGGATGATCCAATGGATGATCCGACAAGTTTTGCGATTGCAATGGGCGCTGATCCGCGTGTTTTATATAAAGGTATTGGTGATATTTGTTTTCTGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006295
ATGGATGATCCAATGGATGATCCGACAAGTTTTGCGATTGCAATGGGCGCTGATCCGCGTGTTTTATATAAAGGTATTGGTGATATTTGTTTTCTGCGAATTGATAGTGAAGCTGGATCTCTTTTAACACTTGGGGAGGGGGGTCGTCCTGATTATATTCTCGCTCCCTACGGCGGATCCACGCGAGGCAAAGAGCTTCCAAAGCGTTGCAGAGGTATACAGAGATTTATGTTTCCACGCGCCGGTGATTATTTTGATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789476.1
MDDPMDDPTSFAIAMGADPRVLYKGIGDICFLRIDSEAGSLLTLGEGGRPDYILAPYGGSTRGKELPKRCRGIQRFMFPRAGDYFDLVVLGVLPMGIDGFEWVAGDRIRGGDGEEKEEGKVTCFFSPFVINHPKTPWDSLDEAMKTQVRNEACFKANEALRRAGYHQYHVCCEQIDLDSMLVHASEWGHITEPRVLAWELVDAYFSAHPIYVDFDIPMILMRRRRI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器