当前解析结果
SmilChr01G006037| 统一新 Gene ID | SmilChr01G006037 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G006037 |
| 描述 | NAC domain containing protein 50-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 75875085 - 75878965 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006294 |
|---|---|
| GeneID | 131006294 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006294 |
| 原始查询 | SmilChr01G006037 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain containing protein 50-like |
| 产物 | NAC domain containing protein 50-like |
| Arabidopsis | AT3G10480 (NAC050)NAC domain containing protein 50 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820212] identity=44.1; qcov=1.13; evalue=3.18e-114; confidence=medium |
| Rice | Os05g0426200 (ONAC036)- identity=57.1; qcov=0.438; evalue=3.46e-70; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006294 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057789475.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789475.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789475.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789475.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057789475.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:75876918 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,B3,B62 |
Chr1:75877216 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B22,C65 |
Chr1:75877225 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,B62 |
Chr1:75878211 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,B133,B68 |
Chr1:75878377 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B114,B14,B16,B37 |
Chr1:75878465 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,B62 |
Chr1:75878476 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B132 |
Chr1:75878485 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B21,B61,C34,C40 |
Chr1:75878560 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A13 |
Chr1:75878648 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,B118 |
Chr1:75878692 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789475.1PF02365
NAM 32-157 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789475.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 32 | 157 | 7.3e-48 | 162.8 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。