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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006040

染色体: Chr01 坐标: 75891230-75893857 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006040
名称SmilChr01G006040
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75891230 - 75893857 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013707
GeneID131013707
locus_tag-
NCBI NameLOC131013707
原始查询SmilChr01G006040

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT3G11010 (RLP34)
receptor like protein 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820272]
identity=33.2; qcov=1.07; evalue=1.76e-119; confidence=low
RiceOs01g0163000
-
identity=35.4; qcov=1.11; evalue=1.33e-136; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013707

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797806.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797806.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797806.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797806.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797806.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75891268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B113,C48
Chr1:75891364 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B126,B7,D11
Chr1:75891364 T TCA 2bp_insertion CDS_variant 3 B126,B7,D11
Chr1:75891406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B37,C17,D6
Chr1:75891412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B139,C9,D11
Chr1:75891418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:75891445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B96
Chr1:75891448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr1:75891453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr1:75891566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr1:75891625 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 31 B103,B105,B118,B119,B121,B124,B135,B139,B2,B22,B3,B34,B4,B50,B54,B62,B76,B83,B9,B94,B95,C30,C45,C50,C6,C63,C65,C8,C86,D11,D3
Chr1:75891631 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 31 B103,B105,B118,B119,B121,B124,B135,B139,B2,B22,B3,B34,B4,B50,B54,B62,B76,B83,B9,B94,B95,C30,C45,C50,C6,C63,C65,C8,C86,D11,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797806.1
875 aa
N
1
438
875
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 27-68 aa PF13855 LRR_8 200-260 aa PF00560 LRR_1 201-223 aa PF00560 LRR_1 249-271 aa PF13855 LRR_8 249-308 aa PF00560 LRR_1 298-318 aa PF13855 LRR_8 299-358 aa PF00560 LRR_1 397-416 aa PF00560 LRR_1 467-487 aa PF00560 LRR_1 490-509 aa PF00560 LRR_1 537-559 aa PF13855 LRR_8 669-725 aa PF00560 LRR_1 691-712 aa PF13516 LRR_6 712-727 aa PF00560 LRR_1 714-736 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797806.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 27 68 2.9e-08 34.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797806.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 200 260 9.6e-43 144.5 Leucine rich repeat
XP_057797806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 201 223 1.2e-47 150.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 249 271 1.2e-47 150.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797806.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 249 308 9.6e-43 144.5 Leucine rich repeat
XP_057797806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 298 318 1.2e-47 150.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797806.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 299 358 9.6e-43 144.5 Leucine rich repeat
XP_057797806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 397 416 1.2e-47 150.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 467 487 1.2e-47 150.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 490 509 1.2e-47 150.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 537 559 1.2e-47 150.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797806.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 669 725 9.6e-43 144.5 Leucine rich repeat
XP_057797806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 691 712 1.2e-47 150.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797806.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 712 727 7.8e-06 26.3 Leucine Rich repeat
XP_057797806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 714 736 1.2e-47 150.3 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941823.1
ATGCTTCCAAAGTTACTATTCATTTCTATACTTGTCTCCTTCATTTTGAGTACTCATTCTTACAATATCCAATGCCTTCACCATCAAAAAACCTTGTTGCTTCAATTCAGGAATGAGTTGTTCTTCGATCCTTCTATTTCAACAAAACTTGTGCAATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGAATGTGATGCTGCTGGCTACGTCATCAGTTTGCAGCTCGATAATGATTCCATTGCTGGTGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013707
ATGCTTCCAAAGTTACTATTCATTTCTATACTTGTCTCCTTCATTTTGAGTACTCATTCTTACAATATCCAATGCCTTCACCATCAAAAAACCTTGTTGCTTCAATTCAGGAATGAGTTGTTCTTCGATCCTTCTATTTCAACAAAACTTGTGCAATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGAATGTGATGCTGCTGGCTACGTCATCAGTTTGCAGCTCGATAATGATTCCATTGCTGGTGAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797806.1
MLPKLLFISILVSFILSTHSYNIQCLHHQKTLLLQFRNELFFDPSISTKLVQWNESDECCKWPGVECDAAGYVISLQLDNDSIAGEIADSSSLFKLMHLQKLNLAFNYINYTLIPRGIHNLTYLTHLNLSNAGFGGQVPAEISSLRRLVSLDISYLTTSVKLEMLIQNLTGLRELYLDSVNVTSPHESRKWSHIISSYLPNLTTLSLRSCGLSGPLAKSFGQLHSLSILRLDENDLSTELPDLFANFPSLTTLTLANCGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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