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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006044

染色体: Chr01 坐标: 75957755-75958865 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006044
名称SmilChr01G006044
描述malate dehydrogenase [NADP], chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75957755 - 75958865 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013738
GeneID131013738
locus_tag-
NCBI NameLOC131013738
原始查询SmilChr01G006044

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述malate dehydrogenase [NADP], chloroplastic-like
产物malate dehydrogenase [NADP]%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT5G58330 (AT5G58330)
lactate/malate dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835945]
identity=65.7; qcov=0.779; evalue=6.59e-35; confidence=medium
RiceOs08g0562100
-
identity=75.4; qcov=0.435; evalue=1.27e-24; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013738

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057797807.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057797807.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.80000 XP_057797807.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797807.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797807.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75958016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr1:75958652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,C59,C63,D10
Chr1:75958668 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941824.1
TAAAATCAGTTAAAATCCCCACTCCCCTTCCCATCATCTGCTTTCCCTCCCGCTTTTCACACACTACACACACTCACAACCGTCTTACTTCACACTCTTTTCACACACAGACACACACTGTGTCTCTGCTGCAGTTTCAATGGCGGCGGCGGCGGTGGCAGAGCTAATTCCATACACTTCAGCGCATACAAAGACTGCCCATCATTTTTCTTCGGAGTTTTCCTATGCATCCACCAGAATTTCCGGCCACCGCCGCCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013738
ATGGCGGCGGCGGCGGTGGCAGAGCTAATTCCATACACTTCAGCGCATACAAAGACTGCCCATCATTTTTCTTCGGAGTTTTCCTATGCATCCACCAGAATTTCCGGCCACCGCCGCCTGCGCCTCCGGCCAATCCAGAACTCGAGAATTAGGTGCTCTGTCACTTCCAATGAAGTTGAAGCGCCGGCAGCGGTGAAGTTAGGGGAACTGAAGAAGAAAGCTGAGTGCTATGGGGTTTTCTGCCTCACTTATGATCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797807.1
MAAAAVAELIPYTSAHTKTAHHFSSEFSYASTRISGHRRLRLRPIQNSRIRCSVTSNEVEAPAAVKLGELKKKAECYGVFCLTYDLKAEEETKSWKKLVNIAVSGAAGMISNHLLFKLASGEFLAFTRPQI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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