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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006064

染色体: Chr01 坐标: 76063118-76066924 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006064
名称SmilChr01G006064
描述ACT domain-containing protein ACR10-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向76063118 - 76066924 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006316
GeneID131006316
locus_tag-
NCBI NameLOC131006316
原始查询SmilChr01G006064

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ACT domain-containing protein ACR10-like
产物ACT domain-containing protein ACR10-like
ArabidopsisAT2G36840 (ACR10)
ACT-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818257]
identity=60.7; qcov=1.01; evalue=7.69e-179; confidence=high
RiceOs09g0570900 (B1331F11.3-1)
-
identity=57.1; qcov=1.04; evalue=1.76e-167; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF24914 (ACR10_N); PF24926 (ACT_ACR9_C); PF24931 (ACT_ACR9_3rd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006316

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789500.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057789500.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057789500.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789500.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789500.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:76064375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,D11,D7
Chr1:76064403 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C34
Chr1:76064403 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 C34
Chr1:76064417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr1:76064939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:76064991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr1:76065954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr1:76065980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:76065982 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 4 A6,B64,B76,C4
Chr1:76065982 A AT 1bp_insertion CDS_variant 4 A6,B64,B76,C4
Chr1:76066097 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B103
Chr1:76066279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789500.1
412 aa
N
1
206
412
ACR10_N
ACT_ACR9_3rd
ACT_ACR9_C
C
PF24914 ACR10_N 12-86 aa PF24931 ACT_ACR9_3rd 234-331 aa PF24926 ACT_ACR9_C 332-410 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789500.1 Pfam PF24914 ACR10_N Domain 12 86 1.3e-42 143.8 ACT domain-containing protein ACR10, N-terminal
XP_057789500.1 Pfam PF24931 ACT_ACR9_3rd Domain 234 331 1.3e-58 195.8 ACR9-like, ACT-like domain
XP_057789500.1 Pfam PF24926 ACT_ACR9_C Domain 332 410 1.4e-39 134.5 ACT domain-containing protein ACR9, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933517.1
AATAAAATAAAAGAATGTGTTTGCGGAATCCCCAAGCCAAGATTCTCTTTTTTATCTCTCTCTAGTCTCTATCCATTTCCTACCCCAAACATTTTGGAAAAAATTCACCCTTACACGATGAGGATGAGAGAGAAACACAATCCCTTTTAATCCAACATATGTTGGCAACCATTTTATCTGCTTGCGCTGTTTGTGGGTGCGTTTTTGACAGTATCCACTTTCCTCGTTTTCCAAAGGGGAAAAAAGCGAGCTAAAATCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006316
ATGGGAATCATCTATGAAGATGCAGTTGTGATTAAAGAAGCTGAAGGGGATTGTGAGCACACTGTGATCACTGTGAATTGCCCAGATAAAACTGGGCTTGGTTGTGATCTGTGTAGAATTATATTACTTTTTGGGATTAGCATTGCTAGAGGAGACGTTTCTACGGATGGTAAATGGTGTTACTTGGTTTTCTGGGTTGTTGGTAAGCCCACGACTAGGTGGAACCTCTTGAAGAATAGGCTGCTTGAGGTTTGCCCTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789500.1
MGIIYEDAVVIKEAEGDCEHTVITVNCPDKTGLGCDLCRIILLFGISIARGDVSTDGKWCYLVFWVVGKPTTRWNLLKNRLLEVCPTCTPSASGIFYYIPEFQQPRPPEVFLLKFWCSYDRKGLLHDVTEVLCKLELTIKRVKVYTAPDGRVMDLFFVTDTRELLRTNTRRDETIKCLTVVLGDAMMSCDIELAAPEVASCLQSFLPSSVSENISSPALSGEHSAGILASDSVSIAFDNSLSPSHTLVQIFCQDHKGLIY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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