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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006067

染色体: Chr01 坐标: 76077354-76078168 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006067
名称SmilChr01G006067
描述3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FERN, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向76077354 - 76078168 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006318
GeneID131006318
locus_tag-
NCBI NameLOC131006318
原始查询SmilChr01G006067

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FERN, mitochondrial-like
产物3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FERN%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G60335 (AT5G60335)
hydroxyacyl-thioester dehydratase type-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723110]
identity=55.2; qcov=0.77; evalue=2.43e-22; confidence=medium
RiceOs05g0185700 (OJ1111_A10.13)
-
identity=45.6; qcov=0.782; evalue=6.08e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006318

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057789502.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057789502.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057789502.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057789502.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789502.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:76077662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr1:76077696 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr1:76077712 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A18,A6,B121,B3,B64,B76,B9,C4,C6
Chr1:76077716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr1:76077720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C76
Chr1:76077733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:76077882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C27
Chr1:76077883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,A7,B103,B35,D3
Chr1:76077895 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B7,B94,C45,C50
Chr1:76077925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:76077939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933519.1
TTCAACTGCAACCAGCGATTGTTCTTCAACTCTGTTTCTTCATTCAATTATTACTCTTCATCAGCATCATCAAACGTGCTTAAACCCGGCGACATTTTGAAGCAATCCAGAGTATTTTCCATATCTGAAGTCGCGGATTACTCGAAGCTAACACACGATCATAATCCGCTGCACTTCGATTTGAAATGCGCCAGAAGCGCTGGATTCACGGACACTCCTATCCCGGGATTGCTCGTTGCTTCCTAGGATAATTGTTTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006318
ATGCAAGTGAATGCGCTTGATTGTTACCGCGTCCTTGCTCAGCCGGGGGCGATTTATGTGAAGCAGACGCTGGAATTTAGGGCACCGATTTTCGTCGGAGATGATGTTGTTGGTGAAGTGCAGGCAAACAGCATCAGGCAGCTCAAAGATAAGTTTATGGTGAAGTTCGCGACTAGTTGCGTTAAAGATGGTGGAGGTGTGGTGATTGGGGGTGAGGCCACTGCGATTCTGCCCACGCTGGCTGTCAATCACAGGTGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789502.1
MQVNALDCYRVLAQPGAIYVKQTLEFRAPIFVGDDVVGEVQANSIRQLKDKFMVKFATSCVKDGGGVVIGGEATAILPTLAVNHRCL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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