当前解析结果
SmilChr01G006071| 统一新 Gene ID | SmilChr01G006071 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G006071 |
| 描述 | proline-rich receptor-like protein kinase PERK15 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 76124887 - 76129776 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006322 |
|---|---|
| GeneID | 131006322 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006322 |
| 原始查询 | SmilChr01G006071 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | proline-rich receptor-like protein kinase PERK15 |
| 产物 | proline-rich receptor-like protein kinase PERK15 |
| Arabidopsis | AT4G02010 (AT4G02010)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827234] identity=65.4; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0253100- identity=68.5; qcov=0.842; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006322 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057789508.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789508.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789508.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789508.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789508.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:76126100 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr1:76127948 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B36 |
Chr1:76127948 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B36 |
Chr1:76127963 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,D1 |
Chr1:76127996 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B42,B43 |
Chr1:76128471 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C71 |
Chr1:76128478 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,C29,C69 |
Chr1:76129126 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B37,C62 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789508.1PF00069
Pkinase 389-662 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 391-664 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789508.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 389 | 662 | 1.4e-43 | 150.0 | Protein kinase domain |
XP_057789508.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 391 | 664 | 2.3e-45 | 155.6 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。