当前解析结果
SmilChr01G006074| 统一新 Gene ID | SmilChr01G006074 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G006074 |
| 描述 | probable sulfate transporter 4.2 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 76191386 - 76196538 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013881 |
|---|---|
| GeneID | 131013881 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013881 |
| 原始查询 | SmilChr01G006074 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable sulfate transporter 4.2 |
| 产物 | probable sulfate transporter 4.2 |
| Arabidopsis | AT5G13550 (SULTR4;1)sulfate transporter 4.1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831199] identity=53.5; qcov=1.14; evalue=6.01e-154; confidence=high |
| Rice | Os09g0240500 (OsSultr4)- identity=53.2; qcov=1.15; evalue=1.83e-132; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00916 (Sulfate_transp); PF01740 (STAS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013881 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057797814.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057797814.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057797814.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797814.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797814.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:76191553 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr1:76191572 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C26 |
Chr1:76191614 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B3,C11,C41,C69 |
Chr1:76191903 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr1:76191923 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr1:76191926 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B21,B41,C74 |
Chr1:76191933 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B21,B41,C74 |
Chr1:76195192 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,B62 |
Chr1:76195214 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,C36,D2,D9 |
Chr1:76195513 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C41,C54,D6 |
Chr1:76195520 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:76195625 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B43 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797814.1PF00916
Sulfate_transp 2-264 aa
PF01740
STAS 270-345 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797814.1 |
Pfam | PF00916 |
Sulfate_transp | Family | 2 | 264 | 2.2e-77 | 261.1 | Sulfate permease family |
XP_057797814.1 |
Pfam | PF01740 |
STAS | Domain | 270 | 345 | 8.2e-15 | 55.2 | STAS domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。