Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006075

染色体: Chr01 坐标: 76204930-76207442 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006075
名称SmilChr01G006075
描述receptor-like protein 36
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向76204930 - 76207442 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006337
GeneID131006337
locus_tag-
NCBI NameLOC131006337
原始查询SmilChr01G006075

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 36
产物receptor-like protein 36
ArabidopsisAT3G23010 (RLP36)
receptor like protein 36 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821875]
identity=44.3; qcov=0.93; evalue=3.47e-20; confidence=low
RiceOs02g0609900
-
identity=45.4; qcov=0.947; evalue=8.21e-21; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006337

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057789531.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057789531.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057789531.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789531.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789531.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:76206159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,B6
Chr1:76206176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B67
Chr1:76206183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr1:76206187 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B63,B82,B95,C72
Chr1:76207184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr1:76207253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr1:76207273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789531.1
114 aa
N
1
57
114
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF00560 LRR_1 19-40 aa PF00560 LRR_1 47-68 aa PF00560 LRR_1 70-91 aa PF00560 LRR_1 94-109 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789531.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 19 40 2.2e-12 45.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789531.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 47 68 2.2e-12 45.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789531.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 70 91 2.2e-12 45.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789531.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 94 109 2.2e-12 45.3 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933548.1
CAAAAGACATTTGCTCACATAACAACCTTCAAAGACTCAAACTACTTAGCCTGCACTCGAACGAATTGGAGGGAGATATAGCATTGAGTTTGGGTCAATGTACACAACTTGAGAGTATTGACTTGTCATGGAACAACTTTGGTGGAAATGTCCCTCGAGAAATTGGGAACATCACACAGCTTAAGGAATTACGCCTTAGTTGGAACAATTTGAAAGGTGGTATACCGAAAGAGATTGGTAATCTTAATAATCTAGAGATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006337
ATGAGTTCCAACAATCTTAGTGGACCGATTCCAAGACAAATTTTGAACATCACAAGTCTCCGTCAACTAGACCTCAGCAACGTCTCTTTAAATGGCTGTTTACCAAAAGACATTTGCTCGCATAACAACCTTCAAAGACTCAAACTACTTAGCCTGGGGTCGAACAAATTGGAGGGAGATATACCATTGAGTTTGGGTCAATGTACACAACTTGAGAGTGTTGACTTGTCATGGAACAACTTTGGTGGAAATGTCCCTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789531.1
MSSNNLSGPIPRQILNITSLRQLDLSNVSLNGCLPKDICSHNNLQRLKLLSLGSNKLEGDIPLSLGQCTQLESVDLSWNNFGGNVPREIGNITQLKELDLRYNNLKGMVLSLYY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器