当前解析结果
SmilChr01G006076| 统一新 Gene ID | SmilChr01G006076 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G006076 |
| 描述 | receptor-like protein 54 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 76211663 - 76212899 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006331 |
|---|---|
| GeneID | 131006331 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006331 |
| 原始查询 | SmilChr01G006076 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | receptor-like protein 54 |
| 产物 | receptor-like protein 54 |
| Arabidopsis | AT2G33060 (RLP27)receptor like protein 27 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817868] identity=42.5; qcov=0.933; evalue=9.46e-60; confidence=medium |
| Rice | Os12g0218500- identity=42.9; qcov=0.893; evalue=6.21e-59; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1); PF12799 (LRR_4); PF13516 (LRR_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006331 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057789525.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789525.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789525.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789525.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789525.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:76211966 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B70 |
Chr1:76211977 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B70 |
Chr1:76212023 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C21,C8 |
Chr1:76212044 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C21,C8 |
Chr1:76212048 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B32,B88,C87 |
Chr1:76212064 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B117,B20,B40,D7 |
Chr1:76212064 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B117,B20,B40,D7 |
Chr1:76212065 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,C64,C66,C74 |
Chr1:76212084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B55,C47 |
Chr1:76212103 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,B48 |
Chr1:76212105 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C52,C60 |
Chr1:76212158 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 30 | A18,A9,B10,B102,B103,B107,B109,B125,B127,B13,B137,B140,B32,B66,B7,B73,B78,B88,B90,B92,C12,C16,C21,C23,C29,C43,C48,C51,C53,C59 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789525.1PF00560
LRR_1 99-119 aa
PF13516
LRR_6 120-132 aa
PF00560
LRR_1 121-142 aa
PF00560
LRR_1 146-167 aa
PF12799
LRR_4 146-185 aa
PF00560
LRR_1 170-187 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789525.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 99 | 119 | 4.2e-21 | 71.2 | Leucine Rich Repeat |
XP_057789525.1 |
Pfam | PF13516 |
LRR_6 | Repeat | 120 | 132 | 1.6e-07 | 31.6 | Leucine Rich repeat |
XP_057789525.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 121 | 142 | 4.2e-21 | 71.2 | Leucine Rich Repeat |
XP_057789525.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 146 | 167 | 4.2e-21 | 71.2 | Leucine Rich Repeat |
XP_057789525.1 |
Pfam | PF12799 |
LRR_4 | Repeat | 146 | 185 | 8e-14 | 52.1 | Leucine Rich repeats (2 copies) |
XP_057789525.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 170 | 187 | 4.2e-21 | 71.2 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。