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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006081

染色体: Chr01 坐标: 76273471-76278930 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006081
名称SmilChr01G006081
描述receptor-like protein 11
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向76273471 - 76278930 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013921
GeneID131013921
locus_tag-
NCBI NameLOC131013921
原始查询SmilChr01G006081

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 11
产物receptor-like protein 11
ArabidopsisAT1G71400 (RLP12)
receptor like protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843481]
identity=36.9; qcov=1.04; evalue=1.82e-96; confidence=medium
RiceOs11g0172150
-
identity=36.9; qcov=0.988; evalue=2.97e-83; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013921

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797832.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797832.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797832.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797832.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797832.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:76273490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A11,B9,C1
Chr1:76273505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C11
Chr1:76273572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B122
Chr1:76273599 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 21 A11,A13,B1,B119,B136,B29,B3,B31,B67,B69,B76,C11,C22,C28,C41,C65,C69,C76,C85,C87,D3
Chr1:76273626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B75,B77
Chr1:76273646 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B60,C53,D1
Chr1:76273648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:76273667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr1:76273679 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr1:76273701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B57,B91
Chr1:76273720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B19,B38,B77,D6
Chr1:76273738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797832.1
584 aa
N
1
292
584
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 31-70 aa PF00560 LRR_1 100-121 aa PF00560 LRR_1 149-171 aa PF13855 LRR_8 149-208 aa PF23598 LRR_14 167-250 aa PF00560 LRR_1 173-195 aa PF00560 LRR_1 197-219 aa PF13855 LRR_8 214-256 aa PF00560 LRR_1 221-243 aa PF00560 LRR_1 270-290 aa PF00560 LRR_1 297-319 aa PF23598 LRR_14 344-574 aa PF00560 LRR_1 348-369 aa PF13855 LRR_8 348-406 aa PF00560 LRR_1 371-393 aa PF00560 LRR_1 395-417 aa PF00560 LRR_1 419-441 aa PF00560 LRR_1 443-465 aa PF00560 LRR_1 492-514 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797832.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 31 70 5.3e-10 40.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 100 121 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 149 171 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 149 208 4.6e-45 151.9 Leucine rich repeat
XP_057797832.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 167 250 9.2e-40 137.2 Leucine-rich repeat region
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 173 195 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 197 219 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 214 256 4.6e-45 151.9 Leucine rich repeat
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 221 243 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 270 290 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 297 319 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 344 574 9.2e-40 137.2 Leucine-rich repeat region
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 348 369 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 348 406 4.6e-45 151.9 Leucine rich repeat
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 371 393 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 395 417 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 419 441 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 443 465 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat
XP_057797832.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 492 514 5.1e-50 157.3 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941849.1
TATGGAGAGAGTTTCTTCCCATTTTCTCGTCCTTGCACTACTCTTACCAATCCATTATTTGATGGATTATAGCTCAGCCAAAAACGATATCACTGATCGTTCTTCCCTTCTCGCCTTAAAATCCCAAATCACATTAGATCCTCAAAATATATTGACCCAAAATTGGAGCACTGAAGCCAGTGTTTGCAATTGGATCGGAGTTACTTGTGATTCACACTACAATAGGGTGACTCAGTTGAATATATCGTACATGGGTCTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013921
ATGGAGAGAGTTTCTTCCCATTTTCTCGTCCTTGCACTACTCTTACCAATCCATTATTTGATGGATTATAGCTCAGCCAAAAACGATATCACTGATCGTTCTTCCCTTCTCGCCTTAAAATCCCAAATCACATTAGATCCTCAAAATATATTGACCCAAAATTGGAGCACTGAAGCCAGTGTTTGCAATTGGATCGGAGTTACTTGTGATTCACACTACAATAGGGTGACTCAGTTGAATATATCGTACATGGGTCTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797832.1
MERVSSHFLVLALLLPIHYLMDYSSAKNDITDRSSLLALKSQITLDPQNILTQNWSTEASVCNWIGVTCDSHYNRVTQLNISYMGLVGTLPREIGNLSFLVSLNASHNSFHGLIPPSIFNMSFLEVLELKNNSLSSSLPLDMCTHNLHRLKRLRISYNVLFGEIPSSLGQCSQLEYLSLSNNTFTGFVPTEIGNLTKLQMLFLSENKLTGPIPSTIGNLSNLVYLYLSYNNLNGPIPSTIGNLANLVYLHLGYNNLNGQI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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