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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006089

染色体: Chr01 坐标: 76379142-76387200 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006089
名称SmilChr01G006089
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At2g33170
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向76379142 - 76387200 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006327
GeneID131006327
locus_tag-
NCBI NameLOC131006327
原始查询SmilChr01G006089

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At2g33170
产物probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At2g33170
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=35.9; qcov=0.989; evalue=1.77e-71; confidence=medium
RiceOs11g0695800 (MRKc)
-
identity=35.2; qcov=0.963; evalue=5.8e-76; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006327

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057789520.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057789520.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057789520.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789520.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789520.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:76379236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B133,B17,B45
Chr1:76379350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B133,B17,B89,C76
Chr1:76379373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr1:76379391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B114,C46
Chr1:76379399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:76379420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B7,C11,C17,C69
Chr1:76379435 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B122,B17,B45,B89,C76
Chr1:76379435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B17,B45,B89,C76
Chr1:76379445 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr1:76379461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A24,B114,C5,C68
Chr1:76379462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:76380097 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789520.1
454 aa
N
1
227
454
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 30-69 aa PF00560 LRR_1 98-119 aa PF00560 LRR_1 123-144 aa PF00560 LRR_1 198-219 aa PF00560 LRR_1 221-242 aa PF00560 LRR_1 245-267 aa PF00560 LRR_1 344-365 aa PF00560 LRR_1 368-390 aa PF13855 LRR_8 368-427 aa PF00560 LRR_1 392-414 aa PF00560 LRR_1 416-438 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789520.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 69 3.1e-10 40.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789520.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 98 119 4.1e-45 142.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789520.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 123 144 4.1e-45 142.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789520.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 198 219 4.1e-45 142.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789520.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 221 242 4.1e-45 142.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789520.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 245 267 4.1e-45 142.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789520.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 344 365 4.1e-45 142.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789520.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 368 390 4.1e-45 142.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789520.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 368 427 1.4e-30 105.5 Leucine rich repeat
XP_057789520.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 392 414 4.1e-45 142.7 Leucine Rich Repeat
XP_057789520.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 416 438 4.1e-45 142.7 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933537.1
CTCACACAATTAGCACTCACAATATGGATACATTTTCCACCCTTCTTTTGCTTCTCATATTGTTTTCTTGTGTTAGCCTTTCTGCTGCACACAACATAACTCAAATCAAAAGTGATGAATATATACTTCTTGCCTTAAAATCCCACATCACTTCAGATCCTGGCAATATTTTGAAAAATAATTGGACCAGTGGAACCTCGTTTTGCACGTGGAGAGGAGTTACTTGTGATTCACGTGGTAGCAAGGTGACTAAATTAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006327
ATGGATACATTTTCCACCCTTCTTTTGCTTCTCATATTGTTTTCTTGTGTTAGCCTTTCTGCTGCACACAACATAACTCAAATCAAAAGTGATGAATATATACTTCTTGCCTTAAAATCCCACATCACTTCAGATCCTGGCAATATTTTGAAAAATAATTGGACCAGTGGAACCTCGTTTTGCACGTGGAGAGGAGTTACTTGTGATTCACGTGGTAGCAAGGTGACTAAATTAGATATCTTTGGTATGGGACTCGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789520.1
MDTFSTLLLLLILFSCVSLSAAHNITQIKSDEYILLALKSHITSDPGNILKNNWTSGTSFCTWRGVTCDSRGSKVTKLDIFGMGLEGSIPQEIGNLSSLVYLDLSYNSFHGNVPTQIWNITLLKVLDLSSNNLRGGIPKEIGNLNNLEILAMSGNNLSGPFPRQVLNITSLRELDLNNASLHGRLPKDICSHNNLQRLKLLELSENKLEGDIPLSLGQCTQLESIYLSYNNFGGYVPREIGNITQLKELYLRYNNLKGGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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