Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006099

染色体: Chr01 坐标: 76484154-76486020 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006099
名称SmilChr01G006099
描述uncharacterized SmilChr01G006099
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向76484154 - 76486020 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006338
GeneID131006338
locus_tag-
NCBI NameLOC131006338
原始查询SmilChr01G006099

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsWD40-5; symbol=OsWD40-5; hit=Os01g0183100; species=rice; confidence=low
产物OsWD40-5; symbol=OsWD40-5; hit=Os01g0183100; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G10530 (AT3G10530)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820218]
identity=54.4; qcov=0.447; evalue=4.59e-07; confidence=low
RiceOs01g0183100 (OsWD40-5)
-
identity=53.5; qcov=0.563; evalue=9.97e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006338

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789532.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057789532.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057789532.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057789532.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789532.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:76484905 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 8 A1,B102,B35,B69,B74,B98,C59,C74
Chr1:76484935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D11
Chr1:76485213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B28,C35,C46
Chr1:76485274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr1:76485342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933549.1
AACTGACCCGATGTTAAAAAAAAAAAATCGTGGAACCCTAACCCAGCTTCTCTCTCGCGTTTCTCTCCCATCTTCTCTCTCCTTCTTTTCCTCAGGCTTCAGCCACCAATGTCGCTCCTAGCTCCGGTCGTGGGTCGCCGCGCGCCACTCTACCCTCCAGCTTTGGAGCCGCGCCTCCTCCAGCTGTCGCCGCCGCACCGCATCAACGGTTGTCAAATTTAAGCGAGAGATGGTTAAGGCGCCGACCTTCACCGATTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006338
ATGGGGGTGAAGGCGGCGAAAGTGCAGAAAGCGAATCCCAAACCTGTCGTAGAGCAGTCTGAAGAGGAGAAAATGAAAGTACAGAAATATATGCGAGTGAAAGCTGCTGATTTGGGGGAACTACAAGATAAGAAATTGAAGGGTCAGTTAGCTGTGAGGGAAGAATTGTATGGGAGAGATCTGAGCCGAGGCCTGAGAGAAAATCACGGTCGCCGCCGGAGTCATAGTCTGGTATTGAGGCAGCGGCGGCGGCGCAGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789532.1
MGVKAAKVQKANPKPVVEQSEEEKMKVQKYMRVKAADLGELQDKKLKGQLAVREELYGRDLSRGLRENHGRRRSHSLVLRQRRRRSTCSALCSSAQLMFLCVC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器