Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G006129`

染色体: Chr01 坐标: 76818374-76820561 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G006129`
名称	SmilChr01G006129
描述	putative receptor like protein 25
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	76818374 - 76820561 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006366`
GeneID	`131006366`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006366`
原始查询	`SmilChr01G006129`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative receptor like protein 25
产物	putative receptor like protein 25
Arabidopsis	`AT2G33060` (RLP27) receptor like protein 27 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817868] identity=41.7; qcov=0.93; evalue=4.18e-58; confidence=medium
Rice	`Os12g0221700` - identity=41.4; qcov=0.89; evalue=3.25e-56; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00560 (LRR_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006366

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057789537.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789537.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789537.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789537.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789537.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:76818787`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr1:76818790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C21,C41,C47
`Chr1:76818808`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr1:76818907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr1:76819033`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B65
`Chr1:76819348`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr1:76819361`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr1:76819369`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	A6,B125,B7,C44
`Chr1:76819369`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	4	A6,B125,B7,C44
`Chr1:76819388`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr1:76819414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr1:76819470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789537.1

299 aa

150

299

LRR_1

PF00560 LRR_1 96-116 aa PF00560 LRR_1 118-139 aa PF00560 LRR_1 143-164 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789537.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	96	116	9.8e-19	64.2	Leucine Rich Repeat
`XP_057789537.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	118	139	9.8e-19	64.2	Leucine Rich Repeat
`XP_057789537.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	143	164	9.8e-19	64.2	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933554.1
TCAAATTTGAAGTATTTATTTCTCCCTTCCAACAAATTAAATGGTGAGCTTCCATTCTCCATCTGTAACTTGACATCCCTTCAGCTTCTTCTACTCTCAAATAACAGTTTGGAAGGGACAGTTCCACAATGCTTTCGAAACTTGAGCAAATCTAATTTGCTCATATTTCATTTAAATGCAAATAACTTTAGTGGCCCAATTCCATCAATATTTATCAAAGGGTGTAGTCTTGAGTCCATCAATTTGAGTGGTAATAAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006366
ATGGAAGCTCTTCCTGAGCTTCGAGTGCTCGTCTTGAAGTCTAACAAGTTTGATGGTAACATGTCGTTGGCTTCACGAAGCAACCTTCCATTTCCTAAGTTGCAAGTTTTAGATATATCAGAGAACGAATTTGTGGGGTCTTTACCTCAAAAATATTTCAAGAATTTCAGAGCAACGAAGGAAAATCAAACAGATGGTGATATTGACTATTTTTCAAATTATGTGGAGATGAGAATCACCTTGAAAGGTTTGGATCAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789537.1
MEALPELRVLVLKSNKFDGNMSLASRSNLPFPKLQVLDISENEFVGSLPQKYFKNFRATKENQTDGDIDYFSNYVEMRITLKGLDQLLKRLLEDFTIIDLSSNKFSGTIPHSIGNMNSLRYLNFSHNNLMGHIPASLGNISVLESLDLSSNKLDGGIPSELTRLTFLAKLNLSMNDLVGQIPQSNQFSTFENDSYVGNLRLCGVPLTRKCNEENGQRMQPEEQDDENDEYGFIDGFGWRSVVMGYGSGLVVGIGIGCCII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器