当前解析结果
SmilChr01G006132| 统一新 Gene ID | SmilChr01G006132 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G006132 |
| 描述 | probable sulfate transporter 4.2 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 76837515 - 76844076 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014051 |
|---|---|
| GeneID | 131014051 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014051 |
| 原始查询 | SmilChr01G006132 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable sulfate transporter 4.2 |
| 产物 | probable sulfate transporter 4.2 |
| Arabidopsis | AT5G13550 (SULTR4;1)sulfate transporter 4.1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831199] identity=67.7; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0240500 (OsSultr4)- identity=72.6; qcov=0.892; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00916 (Sulfate_transp); PF01740 (STAS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014051 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057797964.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057797964.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797964.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797964.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797964.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:76837548 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr1:76837569 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,B32,C29 |
Chr1:76837623 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr1:76837677 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,B85,D10 |
Chr1:76838258 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr1:76838277 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr1:76838328 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B128,B15,B65,C21,C80 |
Chr1:76838589 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A25,B41,C5 |
Chr1:76838596 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A25,B41,C5 |
Chr1:76839153 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C36 |
Chr1:76841623 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr1:76841955 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,B68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797964.1PF00916
Sulfate_transp 19-257 aa
PF01740
STAS 308-421 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797964.1 |
Pfam | PF00916 |
Sulfate_transp | Family | 19 | 257 | 6.8e-71 | 239.8 | Sulfate permease family |
XP_057797964.1 |
Pfam | PF01740 |
STAS | Domain | 308 | 421 | 2.9e-23 | 82.4 | STAS domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。