Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G006142`

染色体: Chr01 坐标: 76918324-76922349 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G006142`
名称	SmilChr01G006142
描述	DNA excision repair protein ERCC-1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	76918324 - 76922349 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006374`
GeneID	`131006374`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006374`
原始查询	`SmilChr01G006142`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA excision repair protein ERCC-1-like
产物	DNA excision repair protein ERCC-1-like
Arabidopsis	`AT3G05210` (ERCC1) nucleotide repair protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819685] identity=64.8; qcov=0.938; evalue=6.84e-154; confidence=high
Rice	`Os10g0518900` (ERCC1) - identity=58.4; qcov=0.925; evalue=1.27e-126; confidence=high
GO	GO:0000110 (nucleotide-excision repair factor 1 complex); GO:0000710 (meiotic mismatch repair); GO:0003684 (damaged DNA binding); GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006289 (nucleotide-excision repair); GO:0006312 (mitotic recombination); GO:0070522 (ERCC4-ERCC1 complex); GO:0070914 (UV-damage excision repair)
KEGG	smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03460 (Fanconi anemia pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03834 (Rad10); PF12826 (HHH_2); PF14520 (HHH_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006374

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789539.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057789539.1`
3	Nuclear body	核内小体	0.40000	`XP_057789539.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789539.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789539.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:76918632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr1:76918646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	19	A2,A9,B110,B128,B132,B17,B36,B45,B50,B70,B98,C10,C26,C37,C50,C56,C61,C65,C74
`Chr1:76918656`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B113,B20
`Chr1:76918656`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B113,B20
`Chr1:76918669`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B133,B89,C52
`Chr1:76918680`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B43,C2,C64
`Chr1:76918863`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B32,B73,B88
`Chr1:76918874`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,B59,C11
`Chr1:76918901`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,B17,B41
`Chr1:76919107`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B42,B64,C70,D7
`Chr1:76919202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B62,C71
`Chr1:76919422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B28,C11,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789539.1

385 aa

192

385

Rad10

HHH_5

HHH_2

PF03834 Rad10 111-216 aa PF14520 HHH_5 235-286 aa PF12826 HHH_2 238-292 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789539.1`	Pfam	`PF03834`	Rad10	Domain	111	216	1.2e-41	142.0	Binding domain of DNA repair protein Ercc1 (rad10/Swi10)
`XP_057789539.1`	Pfam	`PF14520`	HHH_5	Domain	235	286	7.7e-08	33.4	SAM-like Helix-hairpin-helix tandem
`XP_057789539.1`	Pfam	`PF12826`	HHH_2	Motif	238	292	1.4e-06	29.1	Helix-hairpin-helix motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933556.1
CTCCTCCGCCGCGTTTCTCCGCCGCCGTCTGGAGCATCGGTAAGCAAGCCGCCGCCGCAGTGCGCATCATCCGCTCCGGCTAAATTGTTCCACCACCACTTCTGCTCTTCCATTCGAGGAAGTAGAAAGGAGGGATTTTGGAAAGGTGAATTAGGAGAGTGAGTTGTGAAGATGGAAAACAGAGGTGATCCTGAGCAGCAGAAACAGAATAATGCATCATTTGTTGTGAAAATACCTTCATATGAAGAGGTGGTTGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006374
ATGGAAAACAGAGGTGATCCTGAGCAGCAGAAACAGAATAATGCATCATTTGTTGTGAAAATACCTTCATATGAAGAGGTGGTTGAGAGCTCCCAACCTAAGTCGCAATCTTTATTCAAGCCTTCCTCCTCCTTTTCGCAAGCTTTCAATTTTATCAAAAACACTGAATTTTACACCACCCCGCCGTCTGCACCAGTGGCTCAGTCCTCCAAAGATGCCCCTTCATCCTCTCAAGGATCCCATCCAAGGCAAACCATTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789539.1
MENRGDPEQQKQNNASFVVKIPSYEEVVESSQPKSQSLFKPSSSFSQAFNFIKNTEFYTTPPSAPVAQSSKDAPSSSQGSHPRQTIHSEAPSTSVSSAGANRNAIIVSHRQHIRNVRWVFADVVCDYLLGHNACALYLSLRYHLLHPDYLYFRIRELQKNFKLRVVLCHVDVEDVVKPLLEVTKTALLHDCTLLCAWSLEECGRYLETIKVYENKPADLIQGQMDMDYISRLNHALTSIRHVNKTDVVTLGSTFGSLSNI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器