当前解析结果
SmilChr01G006171| 统一新 Gene ID | SmilChr01G006171 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G006171 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G006171 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 77209857 - 77211371 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014158 |
|---|---|
| GeneID | 131014158 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014158 |
| 原始查询 | SmilChr01G006171 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=39; qcov=0.41; evalue=1.15e-31; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014158 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057798028.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057798028.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057798028.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057798028.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057798028.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:77209864 |
AAT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 22 | A14,A15,A25,A4,A8,A9,B1,B114,B132,B21,B44,B57,B59,B74,B83,C2,C37,C51,C63,C65,C67,D11 |
Chr1:77209874 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr1:77209888 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr1:77209929 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B90,B92,C11,C69 |
Chr1:77209929 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B90,B92,C11,C69 |
Chr1:77209937 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B23,B24,B77,C43,C50 |
Chr1:77210048 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | D7 |
Chr1:77210048 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr1:77210072 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B57 |
Chr1:77210109 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 42 | A19,A20,B102,B11,B110,B111,B112,B124,B137,B14,B15,B16,B21,B26,B42,B43,B45,B50,B6,B64,B93,B97,C12,C13,C20,C24,C26,C3,C39,C40,C43,C44,C52,C53,C58,C63,C64,C66,C67,C74,C77,C83 |
Chr1:77210139 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B72,C28,C46 |
Chr1:77210139 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B72,C28,C46 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。