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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006171

染色体: Chr01 坐标: 77209857-77211371 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006171
名称SmilChr01G006171
描述uncharacterized SmilChr01G006171
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向77209857 - 77211371 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014158
GeneID131014158
locus_tag-
NCBI NameLOC131014158
原始查询SmilChr01G006171

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=39; qcov=0.41; evalue=1.15e-31; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014158

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798028.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057798028.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057798028.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798028.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798028.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:77209864 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 22 A14,A15,A25,A4,A8,A9,B1,B114,B132,B21,B44,B57,B59,B74,B83,C2,C37,C51,C63,C65,C67,D11
Chr1:77209874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr1:77209888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:77209929 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B90,B92,C11,C69
Chr1:77209929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B90,B92,C11,C69
Chr1:77209937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B24,B77,C43,C50
Chr1:77210048 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D7
Chr1:77210048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:77210072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr1:77210109 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 42 A19,A20,B102,B11,B110,B111,B112,B124,B137,B14,B15,B16,B21,B26,B42,B43,B45,B50,B6,B64,B93,B97,C12,C13,C20,C24,C26,C3,C39,C40,C43,C44,C52,C53,C58,C63,C64,C66,C67,C74,C77,C83
Chr1:77210139 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B72,C28,C46
Chr1:77210139 C CA 1bp_insertion CDS_variant 3 B72,C28,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942045.1
ATGGCAGAATACATGAAGCCGTTCAGAAATTCTCAACCTCTCGTTCCACTATTACTCGACTATGGAGGTCTGCAAGAAAGCAACATCAAGAAGCGAGGCACGATTAGGAAGCTTGCAGTTGGTCTAGAAATCAGTAAGAGCACAATTGGCAGGTGGGTGAAATCTGGAAAAATCAGAGCACACACAAGTGCTCTAAAACCAGATTTGACAGCCACCAACATGCTATTGAGGCTGCGATTCTCACTTGAATCCTTAGAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014158
ATGGCAGAATACATGAAGCCGTTCAGAAATTCTCAACCTCTCGTTCCACTATTACTCGACTATGGAGGTCTGCAAGAAAGCAACATCAAGAAGCGAGGCACGATTAGGAAGCTTGCAGTTGGTCTAGAAATCAGTAAGAGCACAATTGGCAGGTGGGTGAAATCTGGAAAAATCAGAGCACACACAAGTGCTCTAAAACCAGATTTGACAGCCACCAACATGCTATTGAGGCTGCGATTCTCACTTGAATCCTTAGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798028.1
MAEYMKPFRNSQPLVPLLLDYGGLQESNIKKRGTIRKLAVGLEISKSTIGRWVKSGKIRAHTSALKPDLTATNMLLRLRFSLESLELDRILNIIKFRDMHNTVHIDEKWFYITRGSHRYYLAPREPEPHRTCKSKKFITKIMFMCAVTRPLIAENGTVLFDGKIGIFPFIVQVPAKRNSRNRQAGTLETKAIESITKEVIKDCLINKIIPVIMAKWPEGASKDIFIQQDNARPHILDNDPDFRKAASQGDFNIRLTQQPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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