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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006176

染色体: Chr01 坐标: 77283353-77287497 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006176
名称SmilChr01G006176
描述adenine/guanine permease AZG1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向77283353 - 77287497 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006404
GeneID131006404
locus_tag-
NCBI NameLOC131006404
原始查询SmilChr01G006176

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述adenine/guanine permease AZG1
产物adenine/guanine permease AZG1
ArabidopsisAT3G10960 (AZG1)
AZA-guanine resistant1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820267]
identity=76.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0332600
-
identity=76.3; qcov=0.66; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005345 (purine nucleobase transmembrane transporter activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00860 (Xan_ur_permease)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006404

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789558.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789558.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789558.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789558.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789558.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:77283521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,B77
Chr1:77285727 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C8
Chr1:77285727 AGC A 2bp_deletion CDS_variant 1 C8
Chr1:77285881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:77286127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr1:77286136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B47,B55,C4
Chr1:77286160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:77286274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:77286365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr1:77286533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C84
Chr1:77286631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr1:77286781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789558.1
568 aa
N
1
284
568
Xan_ur_permease
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 115-230 aa PF00860 Xan_ur_permease 294-518 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789558.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 115 230 9.8e-27 94.4 Permease family
XP_057789558.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 294 518 9.8e-27 94.4 Permease family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933575.1
ATATCAACTCAATTGAATTACGAGAAAAACGTGATAGTGCGCAGAATCATAATCATAATAAAATAAAAAACTAATATTATTATTATATAAAAGGCTAAAAAATAGCATCACAAAGCAATATAAAAAGAAATTCATTGCCTTAAAAAATTGAAAAAATTAATAACCCCCAAATCAATCCTCCCAAAACGCACACTCGACTCCACACATACTGCAATGGAAGTAGAATCCGGCACACCGCCACGGCCACCGCCGCCGTCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006404
ATGGAAGTAGAATCCGGCACACCGCCACGGCCACCGCCGCCGTCTTCCGGCGCGCAGTCCCAAATCAGCCGTCTCAACTCCTACGTCGCGAAATCCCGCGTCGGCAAGCGGTTCAAGGTTACCGAGCGCAACACCTCGTTCACCACGGAGCTCCGCGCCGGCACCGCCACGTTCCTGACAATGGCCTACATCCTGGCCGTGAACGCCTCCATCCTGTCGGATTCCGGCGGCACGTGCTCCGTCTCCGACTGCATCCCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789558.1
MEVESGTPPRPPPPSSGAQSQISRLNSYVAKSRVGKRFKVTERNTSFTTELRAGTATFLTMAYILAVNASILSDSGGTCSVSDCIPLCSSGGDCIPPDASCKFEPVNPGYAACLEKTRKDLIVATVASSLIGCVIMGLFANLPLALAPGMGTNAYFAYTVVGFHGSGNVTYQAALAAVFIEGLIFLLISAVGLRAKLAKLVPKPVRISSSAGIGLFLAFIGLQNNQGIGLIGYSSSTLVTLGGCPAGARAAVAPVMTLAN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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